结论前置：单位在补休用完后直接扣减年假的做法是否合理，需结合具体情况判断，若单位未与员工协商一致或未依法安排补休/年假，则扣减行为可能违法。以下是具体分析：

1. 补休与年假的法律性质不同，不能直接替代

• 根据《劳动法》第四十四条，休息日安排工作且不能补休的，应支付200%工资；而年假是《职工带薪年休假条例》规定的法定福利，单位需保障员工享受。
• 若单位因业务不忙强制安排补休，本质是“提前消耗休息时间”，而非法定补休（法定补休需针对加班情形）。此时补休用完后，单位无权直接扣减年假，除非员工书面同意。

2. 单位扣减年假的合法情形

• 员工主动申请：若员工同意用年假抵消补休不足的部分，且单位已履行告知义务，可能合法。
• 法定扣减情形：根据《企业职工带薪年休假实施办法》，员工请事假累计20天以上且不扣工资、或累计工作满1年不满10年请病假累计2个月以上的，可不享受当年年假。但业务不忙导致的补休不属于法定扣减事由。

3. 单位可能存在的违法行为

• 未协商即扣减：若单位未与员工协商一致，单方面以“补休用完”为由扣减年假，涉嫌侵犯员工休息权。
• 未支付未休年假工资：若员工未休年假且单位未支付300%工资（含正常工资），则违反《职工带薪年休假条例》第五条。

4. 员工维权建议

• 保留证据：保存考勤记录、补休通知、年假扣减通知等材料。
• 协商或投诉：先与单位沟通，要求说明扣减依据；若无效，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
• 主张权益：可要求单位补发未休年假工资，或恢复年假天数。

总结：单位在补休用完后直接扣减年假的行为，若无员工同意或法定事由，可能违法。建议根据自身情况，通过协商或法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作。