核心结论：股东实控人以现金形式发工资，需确保合法合规，主要涉及工资支付形式合法性、税务合规性、劳动合同与规章制度一致性以及证据留存等方面。以下从这几个角度详细阐述办理方法：

1. 工资支付形式的合法性
   根据《工资支付暂行规定》，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。现金形式本身并不违法，但需确保支付过程透明、可追溯。建议：

   • 每月固定日期以现金形式发放工资，并制作工资签收表，由员工签字确认金额及发放日期；
     
   • 避免通过个人账户转账或第三方代付，防止被认定为“账外工资”或偷逃税款。

2. 税务合规性
   现金发放工资需严格履行个税代扣代缴义务，否则可能面临税务处罚：

   • 个税申报：实控人需按“工资薪金所得”项目，以5%-45%的超额累进税率代扣代缴个人所得税，并通过自然人电子税务局申报；
     
   • 社保基数：现金工资需计入社保缴费基数，若未纳入可能导致社保缴费不足，引发劳动监察风险；
     
   • 发票要求：若现金用于支付差旅费等报销款项，需员工提供合法票据，否则可能被认定为“变相发工资”逃避个税。

3. 劳动合同与规章制度的匹配
   公司规章制度或劳动合同中应明确工资支付形式（如“现金”或“银行转账”），避免口头约定：

   • 若合同约定“银行转账”，擅自改为现金支付可能构成违约，员工可主张未足额支付工资；
     
   • 建议修订劳动合同或补充协议，明确现金支付的合法性及操作流程。

4. 证据留存与风险防范
   现金发放易引发纠纷（如员工否认收到工资），需留存完整证据链：

   • 工资表：记录员工姓名、金额、发放时间、签字确认等信息；
     
   • 考勤记录：与工资表对应，证明出勤与工资匹配；
     
   • 银行流水：若部分工资通过银行发放，需保留转账记录，避免“现金+转账”混合模式被质疑合理性。

风险提示：

• 若现金工资未纳入个税申报，税务机关可追缴税款、滞纳金，并处50%-5倍罚款；
  
• 员工可能以“未足额支付工资”为由解除劳动合同，主张经济补偿金；
  
• 长期现金支付可能被认定为“隐匿收入”，影响公司融资、上市等资质审核。

建议操作步骤：

1. 修订劳动合同，明确现金支付条款；
   
2. 每月制作工资签收表，员工签字后存档；
   
3. 按月申报个税，确保税款足额缴纳；
   
4. 保留考勤、工资表等证据至少3年。
   

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