当公司不接受组织关系时，你可以通过以下步骤来妥善处理这一问题：
一、明确组织关系并初步沟通
首先，需要明确“组织关系”在这里主要指的是党员或团员的组织关系。这是解决问题的前提，因为不同的组织关系可能有不同的处理方式和规定。接下来，你应该主动与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，诚恳地询问公司不接收组织关系的具体原因。可能的原因包括公司没有相应的党组织或团组织、信息不对称、材料不符合要求等。
二、根据原因采取相应措施
材料问题：
- 如果是因为提交的材料格式不符合要求或信息填写不完整，你应该及时补充或修正相关材料。这可能包括入党/入团申请书、思想汇报、组织关系介绍信等。
- 如果材料丢失或损坏，你需要联系原党组织或团组织查找并补充缺失的材料，或按规定程序更正错误内容。
公司无党组织/团组织：
- 如果公司确实没有相应的党组织或团组织，你可以考虑将组织关系转移到公司所在地的街道、乡镇党组织或团组织，或者转移到公司所在区市县的非公企业党组织或团组织。
- 某些行业有特定的行业主管部门党组织或团组织，你也可以考虑将这些组织作为接收方。
公司有党组织/团组织但因特殊原因不接收：
- 如果是因为你从事的是短期临时性工作，你可以考虑将组织关系保留在原单位或转移到居住地党组织或团组织，并以流动党员或团员的身份参加组织生活。
- 如果公司无正当理由拒绝接收你的组织关系，你可以向上级党委或团委组织部门反映情况，由上级部门协调解决。
三、考虑其他接收地
- 居住地党组织/团组织：如果公司确实无法接收你的组织关系，你可以考虑将组织关系转移到居住地所在的社区党组织或团组织。在转移前，你需要咨询接收条件和所需材料，确保转移过程顺利进行。
- 人才交流服务机构党组织：对于灵活就业人员或档案存放在人才交流服务机构的人员，你可以考虑将组织关系转移到这些机构的党组织。但需要注意的是，这些机构可能对接收组织关系有一定的条件限制。
- 户籍所在地党组织/团组织：作为备选方案，你也可以考虑将组织关系暂时挂靠在户籍所在地的党组织或团组织。这通常是在其他接收地都无法接收时的一种选择。
四、寻求帮助与保持积极态度
- 向原组织寻求帮助：如果你已经了解了公司不接收组织关系的原因，但仍无法解决问题，你可以向原学校、前工作单位等寻求帮助。他们可能能提供必要的证明文件或进行协商，帮助你解决问题。
- 咨询专业人士：在处理组织关系问题时，如果你感到困惑或无法解决问题，可以随时向我咨询。作为专业律师，我可以为你提供专业的法律建议和指导。
- 保持积极态度：在整个处理过程中，你需要保持积极的态度，与相关部门和人员进行友好沟通。展示你的诚意和决心，有助于问题的顺利解决。
面对公司不接受组织关系的问题，关键在于积极沟通、了解原因、采取相应措施、考虑其他选择以及寻求帮助和保持积极态度。希望这些建议能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。