合作协议中，合作人的工资是否包含加班费，主要取决于合作协议中的具体约定以及所适用的法律法规。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合作协议的具体约定
明确约定加班费：
- 如果合作协议中明确规定了合作人在超出正常工作时间工作时，应获得加班费，并且详细说明了加班费的计算方式和支付标准，那么合作人就有权按照协议约定获得加班费。
未明确约定加班费：
- 如果合作协议中没有明确提及加班费，或者只是模糊地提到了“合理补偿”等表述，而没有具体说明加班费的计算方式和支付标准，那么合作人是否有权获得加班费就可能存在争议。在这种情况下，需要参考相关法律法规和行业惯例来进行判断。
二、所适用的法律法规
劳动法相关规定：
- 如果合作人被视为劳动者（即存在劳动关系），那么根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者在超出正常工作时间工作时，有权获得加班费。加班费的计算方式和支付标准通常由法律法规明确规定。
- 但需要注意的是，合作协议中的合作人并不一定都是劳动者。如果合作人之间是平等的合作关系，而非劳动关系，那么劳动法的相关规定可能不适用。
民法典合同编相关规定：
- 如果合作协议被视为民事合同，那么根据《民法典》合同编的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务。如果合作协议中没有约定加班费，但一方（如合作人）认为其有权获得加班费，并且能够提供充分的证据来支持其主张，那么法院或仲裁机构可能会根据公平原则、诚实信用原则等来判断是否应支持其主张。
三、实际操作建议
审查合作协议：
- 在签订合作协议前，务必仔细审查协议中的各项条款，特别是关于工资、加班费等经济利益的约定。确保自己的权益得到充分保障。
咨询专业律师：
- 如果对合作协议中的条款存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案。
保留相关证据：
- 在合作过程中，务必保留好与工资、加班费等相关的证据，如工作记录、考勤表、工资单等。这些证据在发生争议时可能起到关键作用。
总结来看，合作协议中合作人的工资是否包含加班费并没有一个固定的答案。它取决于合作协议中的具体约定以及所适用的法律法规。因此，在签订合作协议前，务必仔细审查协议条款并咨询专业律师的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。