申请离职时年假用超了，一般情况下不会有直接的负面影响，但具体还需根据公司的规章制度以及年假的性质来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、年假性质与规定
法定年假：
- 根据《职工带薪年休假条例》，职工在连续工作满一定年限后，享有带薪年休假。这是职工的合法权益，公司应当予以保障。
- 如果职工在离职前已经休完了应享的法定年假，那么即使离职时年假“用超”（实际上可能是指休完了应享天数），也不会产生额外费用或责任。
公司额外福利年假：
- 有些公司会提供超出法定标准的年假作为员工福利。这部分年假的使用可能受到公司具体规章制度的影响。
- 如果公司规章制度中明确规定，离职时未休完的额外福利年假不予补偿或需要折现扣除，那么职工可能需要遵守这些规定。但同样，如果已经休完，则通常不会产生额外问题。
二、公司规章制度的影响
- 规章制度合法性：首先，公司的规章制度必须合法有效，不能违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中关于年假的规定违法，那么这些规定对职工不具有约束力。
- 规章制度执行：即使规章制度合法，其执行也需要遵循公平、合理的原则。如果公司对离职职工的年假处理存在不公平或不合理的情况，职工可以通过法律途径维护自己的权益。
三、实际操作建议
- 提前了解公司规定：在离职前，职工应提前了解公司关于年假的具体规定，包括年假的享有条件、使用方式以及离职时的处理办法等。
- 与公司协商：如果职工对年假的处理有疑问或不满，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 保留相关证据：在离职过程中，职工应保留好与年假相关的证据，如休假申请、审批记录等，以备不时之需。
四、可能产生的法律后果
- 如果公司违法扣除工资：如果公司以年假“用超”为由违法扣除职工的工资或福利，那么职工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。
- 如果职工恶意休假：如果职工在明知即将离职的情况下恶意休假（如故意在离职前大量休假以规避工作责任），且这种行为违反了公司的规章制度或职业道德，那么公司可能会根据规定对职工进行处理。但这种情况并不常见，且需要公司有充分的证据来支持其处理决定。
总结来看，申请离职时年假用超了，在大多数情况下并不会对职工产生直接的负面影响。但为了确保自己的权益不受损害，职工在离职前应提前了解公司规定、与公司协商并保留好相关证据。如果有任何疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。