结论：事业单位与员工签订的劳动合同中，约定服务期为五年，但合同期限仅签三年并附加两年服务期条款的做法，其合规性需根据具体情况判断，若附加的两年服务期有合法依据且程序正当，则可能是合规的；若无合法依据或程序不当，则可能不合规。以下从不同角度进行详细分析：
一、服务期与劳动合同期限的关系
服务期定义：服务期是指用人单位与劳动者约定的，劳动者必须为用人单位提供服务的期限。这个期限通常与用人单位为劳动者提供的专项培训费用、专业技术培训等密切相关。
劳动合同期限与服务期的区别：劳动合同期限是劳动合同双方约定的合同有效时间，而服务期则是劳动者因接受用人单位提供的特殊待遇（如培训）而承诺为用人单位服务的特定时间。服务期可以长于、等于或短于劳动合同期限。
服务期长于劳动合同期限的处理：当服务期长于劳动合同期限时，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当续延至服务期满。这意味着，如果事业单位与员工约定的服务期为五年，但劳动合同期限仅签三年，那么在劳动合同到期后，双方应继续履行至服务期满，除非双方协商一致解除或终止劳动合同。
二、附加两年服务期的合规性分析
合法依据：附加两年服务期必须有合法依据。通常，这种依据来自于用人单位为劳动者提供的专项培训费用、专业技术培训等。如果事业单位能够证明这附加的两年服务期是基于对员工进行的专项培训或提供了其他特殊待遇，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定可能是合规的。
程序正当：除了合法依据外，附加两年服务期的约定还需要程序正当。这包括双方协商一致、明确约定服务期的具体内容（如服务期限、服务内容、违约责任等）、以及将约定内容写入劳动合同或补充协议中。如果事业单位在签订劳动合同时未与员工充分协商，或者未将服务期约定明确写入合同，那么这种约定可能因程序不当而不合规。
三、可能存在的法律风险
违约责任：如果事业单位与员工约定的服务期过长，且员工在服务期内提前离职，那么事业单位可能面临员工支付违约金的风险。然而，违约金的数额也需符合法律法规的规定，不能过高或过低。
劳动合同续延问题：如前所述，当服务期长于劳动合同期限时，劳动合同应当续延至服务期满。如果事业单位未按照法律规定处理劳动合同续延问题，可能面临劳动争议的风险。
四、建议
明确约定：事业单位在与员工签订劳动合同时，应明确约定服务期的具体内容，包括服务期限、服务内容、违约责任等，并将约定内容写入劳动合同或补充协议中。
合法合规：确保附加的服务期有合法依据，且程序正当。避免因约定不当而引发劳动争议。
协商一致：在签订劳动合同时，应与员工充分协商，确保双方对服务期的约定达成一致意见。
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