合法在建工程被法院查封时，总包单位有权提出执行异议。以下是对此问题的详细分析：

一. 总包单位提出执行异议的权利

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。在建工程被查封，可能直接影响到总包单位的合法权益，如工程款支付、工程进度等，因此总包单位作为利害关系人，有权提出执行异议。

二. 执行异议的提出条件

• 1. 异议主体：必须是执行案件的当事人或利害关系人，总包单位作为在建工程的承包方，与执行行为有直接的利害关系，符合异议主体的要求。
• 2. 异议内容：必须是对执行行为本身提出异议，而非对执行依据（如判决、裁定等）提出异议。总包单位应针对法院查封在建工程这一执行行为提出异议，而非对导致查封的判决或裁定提出异议。
• 3. 异议形式：必须以书面形式提出，并说明理由和提供相关证据。总包单位在提出执行异议时，应明确说明查封在建工程对其合法权益的影响，并提供相关证据支持其异议。

三. 执行异议的处理程序

• 法院在收到执行异议后，会进行审查。如果认为异议成立，法院会裁定撤销或改正执行行为；如果认为异议不成立，法院会裁定驳回异议。总包单位对裁定不服的，还可以进一步通过诉讼等方式维护自己的合法权益。

我建议：总包单位在提出执行异议前，应充分收集相关证据，确保异议的合理性和有效性。同时，也可以考虑咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。