结论：在部队不能留任且已签保密协议的情况下，是否还有机会留下来，需根据具体情况分析，包括留任不能的具体原因、保密协议的内容及部队的相关规定等。以下从不同角度进行详细分析。

一、留任不能的具体原因

1. 身体原因：

   • 若因身体原因无法继续服役，且该原因属于永久性或长期性，那么留任的可能性通常较低。此时，即使保密协议存在，也不太可能成为留任的依据。
   • 建议：若身体原因只是暂时性的，且有望恢复，可与部队沟通，了解是否有复员后重新入伍或转为其他非战斗岗位的可能性。

2. 技能或岗位不匹配：

   • 若因技能或岗位不匹配导致无法留任，可考虑通过培训或学习提升自身技能，以符合部队需求。
   • 建议：与部队人力资源部门沟通，了解是否有培训或转岗的机会，并评估保密协议是否对此类变动构成限制。

3. 部队编制或政策调整：

   • 若因部队编制调整或政策变化导致无法留任，这通常属于不可抗力因素。
   • 建议：关注部队官方信息，了解是否有新的政策或编制调整计划，并咨询部队相关部门是否有可能因此调整留任决定。

二、保密协议的内容及影响

1. 保密义务：

   • 保密协议通常要求签署者在一定期限内（如退役后的一定年限）对部队的敏感信息保密。
   • 影响：保密义务本身并不直接决定留任与否，但若违反保密协议，可能面临法律责任，包括罚款、刑事责任等。

2. 竞业限制：

   • 部分保密协议可能包含竞业限制条款，即签署者在一定期限内不得从事与部队业务相竞争的工作。
   • 影响：若竞业限制条款过于宽泛或不合理，可能影响签署者的职业选择，但通常不直接决定留任问题。

3. 留任条款：

   • 需仔细审查保密协议中是否包含与留任相关的条款，如留任的条件、期限等。
   • 建议：若协议中有留任条款，且满足相关条件，可与部队沟通留任事宜。

三、部队的相关规定及政策

1. 留任政策：

   • 部队通常有明确的留任政策，包括留任的条件、程序等。
   • 建议：了解并遵守部队的留任政策，积极准备留任所需的材料和条件。

2. 特殊情况处理：

   • 部队对于特殊情况（如家庭困难、个人发展需求等）可能有特殊的处理政策。
   • 建议：若存在特殊情况，可向部队相关部门提出申请，并说明留任的意愿和理由。

四、综合建议

1. 与部队沟通：

   • 最直接且有效的方式是与部队相关部门（如人力资源部门）沟通，了解留任的具体条件和可能性。

2. 审查保密协议：

   • 仔细审查保密协议的内容，特别是与留任相关的条款，确保自己的权益不受侵害。

3. 准备留任材料：

   • 若决定留任，需积极准备留任所需的材料，如个人简历、技能证书、体检报告等。

4. 关注部队动态：

   • 关注部队的官方信息，了解是否有新的政策或编制调整计划，以便及时调整自己的留任策略。

最后，在部队不能留任且已签保密协议的情况下，是否还有机会留下来需根据具体情况分析。建议与部队相关部门积极沟通，了解留任的具体条件和可能性，并仔细审查保密协议的内容。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。