纠纷超过三年，大多情况下仍然可以申请仲裁。下面我从几个角度为您详细分析：
仲裁时效的基本规定
仲裁时效通常适用诉讼时效的规定，而一般的诉讼时效是三年。这意味着，从您知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起三年内，您有权向仲裁机构申请仲裁。但这里有几个关键点需要注意：
时效中断：如果在三年时效期间内，您提起了诉讼、向对方提出了要求，或者对方同意履行义务，那么时效会中断，并从中断时起重新计算三年。
时效延长：在特殊情况下，如果因为某些原因（如不可抗力或其他正当理由）导致您无法在三年内申请仲裁，法院可以依您的申请决定延长时效。
超过三年申请仲裁的后果
如果对方未提出时效抗辩：即使纠纷已经超过三年，您仍然可以向仲裁机构申请仲裁，且仲裁机构会受理。在这种情况下，如果对方没有提出时效抗辩，仲裁机构不会主动适用时效规定来驳回您的仲裁请求。
如果对方提出时效抗辩：如果对方以纠纷超过三年仲裁时效为由提出抗辩，并且仲裁机构查明确实没有中止、中断或延长的情形，那么仲裁机构可能会驳回您的仲裁请求。
实际案例说明
以小朱和小李的合同纠纷为例，小朱认为小李未按合同约定支付款项，从纠纷发生到小朱决定维权已超过三年。小朱向仲裁机构申请仲裁后，小李以纠纷超过三年仲裁时效为由提出抗辩。在这种情况下，如果仲裁机构查明确实没有中止、中断或延长的情形，且小李对时效提出了抗辩，那么仲裁机构可能会驳回小朱的仲裁请求。
建议
及时行动：如果您发现自己权益受到侵害，应尽快采取行动，包括但不限于与对方协商、提起诉讼或申请仲裁，以避免因时效问题而丧失维权机会。
保留证据：在维权过程中，务必保留好相关证据，如合同、付款记录、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。
咨询专业律师：虽然我可以为您提供法律咨询，但每个案件的具体情况都有所不同。如果您面临复杂的法律问题，建议直接向我咨询，以便得到更具体、更专业的法律建议。
综上所述，纠纷超过三年并不意味着您就无法申请仲裁。关键在于是否存在时效中断、延长等情形，以及对方是否提出时效抗辩。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。