在小区商铺开加工厂，未经合法程序审批和利害关系业主同意，是不合法的。这主要涉及到住宅用途、土地用途的法律规定，以及可能带来的环保、消防和安全隐患。下面我从几个方面详细分析：

一、住宅与土地用途的法律规定

1. 住宅用途：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若需改变，应经有利害关系的业主一致同意。虽然您提到的是小区商铺，但如果该商铺的产权性质或规划用途并非商业或工业，而是住宅或类似用途，那么将其改为加工厂就可能违反这一规定。

2. 土地用途：同样根据《中华人民共和国民法典》，建设用地使用权人应合理利用土地，不得擅自改变土地用途。如需改变，需依法经过相关行政主管部门的批准。如果小区商铺所在的土地用途并非商业或工业用地，那么开设加工厂就可能涉及土地用途的变更，需要获得相应审批。

二、环保要求

加工厂在生产过程中可能产生噪音、废水、废气等污染物。根据《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规，这些污染物的排放必须符合国家标准，否则将对小区居民的生活环境和身体健康造成损害，构成违法行为。因此，在小区商铺开设加工厂，必须确保环保达标。

三、消防安全与隐患

加工厂使用的设备、原材料等可能具有危险性，存在火灾、爆炸等安全风险。根据《中华人民共和国消防法》，生产经营场所必须满足消防安全要求。在小区商铺内开设加工厂，如果未达到消防安全标准，将严重威胁小区居民的生命财产安全。

四、合法开办条件与建议

• 寻找合法场地：如果确实需要在小区附近进行生产加工活动，应寻找符合工业或商业用途的场地，并依法办理工商注册、环保审批、消防验收等相关手续。
• 遵守法律法规：确保生产加工活动不会对周边环境及居民生活造成不良影响，遵守相关法律法规和管理规约。
• 获得利害关系业主同意：如果加工厂可能对周边业主造成影响，应获得他们的同意和支持。

五、可能的法律后果

如果未经合法程序审批和利害关系业主同意，在小区商铺开设加工厂，可能面临以下法律后果：

• 行政处罚：相关部门可能对违法行为进行行政处罚，包括罚款、责令停产停业等。
• 民事赔偿：如果加工厂对周边业主造成损害，可能需要承担民事赔偿责任。
• 刑事责任：在严重情况下，如果违法行为构成犯罪，可能需要承担刑事责任。

总结与建议：在小区商铺开设加工厂需要严格遵守法律法规，未经合法程序审批和利害关系业主同意是违法的。建议您在开设加工厂前，务必了解相关法律法规和政策要求，确保合法合规经营。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。