停工留薪期间，单位依照内部文件对受伤职工进行处罚，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若内部文件规定与法律法规相抵触：
- 根据《工伤保险条例》及相关劳动法律法规，职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这是法律对受伤职工在停工留薪期间权益的明确保护。
- 如果单位内部文件的规定与这一法律原则相抵触，比如规定在停工留薪期间对职工进行罚款、降薪或其他形式的处罚，那么这些规定是无效的。单位依据此类无效规定对职工进行处罚，显然是不合法的。
若内部文件规定不违反法律法规，但处罚措施不合理或不当：
- 即使单位内部文件的规定不直接违反法律法规，但如果处罚措施显得不合理或不当，比如对轻微违规行为施以过重的处罚，这也可能引发法律争议。
- 在这种情况下，虽然处罚行为可能不完全构成“违法”，但职工有权通过法律途径维护自己的合法权益，比如申请劳动仲裁或提起诉讼，要求撤销不合理的处罚决定。
若内部文件规定合法且处罚措施合理：
- 如果单位内部文件的规定完全符合法律法规的要求，且处罚措施合理、适当，比如对严重违反单位规章制度的职工进行适当的处罚，那么这种处罚行为是合法的。
- 但需要注意的是，即使在这种情况下，单位也应当确保处罚程序的公正性和透明性，避免滥用处罚权。
法律建议：
- 对于受伤职工而言，如果认为单位依据内部文件进行的处罚不合法或不合理，应当及时收集证据，如内部文件、处罚决定书、工资单等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
- 同时，职工也可以尝试与单位进行协商，寻求和解或调整处罚决定的可能性。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决争议。
可能法律后果：
- 如果单位依据违法或不合理内部文件对职工进行处罚，可能面临劳动仲裁机构的裁决撤销处罚决定、赔偿职工损失等法律后果。
- 在严重情况下，单位还可能因违反劳动法律法规而受到行政处罚或承担民事责任。
综上所述，停工留薪期间单位依照内部文件对受伤职工进行处罚是否合法，取决于内部文件的规定是否与法律法规相抵触以及处罚措施是否合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。