关于请假期间交通补助是否扣除的问题，需结合具体情形判断，结论如下：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定时，以约定为准
   若劳动合同、员工手册或公司规章制度中明确规定“请假期间停发交通补助”，则用人单位有权扣除。例如，部分企业将交通补助与出勤直接挂钩，视为“出勤福利”，此时请假（尤其是事假、旷工等非带薪假）可能导致扣除。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位可依法制定规章制度，但需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知劳动者。若制度合法且劳动者已知悉，则具有约束力。

2. 无明确约定时，需区分交通补助性质

   • 固定补贴（如每月固定金额）：若交通补助属于工资组成部分（如列入工资条），根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣。但若劳动者未提供劳动（如请事假），部分地区司法实践可能支持按比例扣除。
     
   • 实报实销型交通费：若交通补助为实际发生的交通费用报销（如打车票、公交卡充值），则请假期间未产生费用，自然无需报销，但不存在“扣除”问题。
     
   • 福利性质补贴：若交通补助属于企业自主福利（如“通勤补贴”），法律未强制要求发放，用人单位可自行决定是否扣除，但需保持合理性（如同等岗位员工请假处理一致）。

3. 特殊假期（如病假、年假）的处理

   • 病假：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，但交通补助是否扣除需看制度约定。若制度未明确，司法实践中可能倾向于不扣除福利性补贴。
     
   • 年假：年假属于带薪休假，劳动者正常提供劳动，交通补助通常不应扣除。

建议：

• 劳动者可先查阅劳动合同、员工手册或咨询HR，确认交通补助的性质及扣除规则；
  
• 若认为扣除不合理，可保留证据（如工资条、制度文件）并通过劳动仲裁维权；
  
• 用人单位制定制度时，应明确交通补助的发放条件及扣除情形，避免争议。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。