施工项目招标文件设置中标人负责运营项目20年，这一做法的合法性需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：

1. 合同自由原则与合法性边界

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权自由约定合同内容，包括合同的履行期限。因此，从合同自由原则出发，招标文件设置中标人负责运营项目20年，在双方自愿且不违反法律、行政法规的强制性规定的情况下，是合法的。

然而，这种长期运营安排必须确保不违反法律的强制性规定。例如，如果运营期限过长，可能涉及到未来市场变化、政策调整等不可预见因素，导致合同履行出现困难或争议。此外，如果运营期限的设置是为了规避法律对特定行业或领域的监管要求，那么这种安排就是违法的。

2. 招标投标法的相关规定

《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例主要规范了招标投标活动的程序和要求，确保招标投标活动的公开、公平、公正。对于招标文件中的运营期限设置，法律并未直接规定其合法性，但要求招标文件不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人。

因此，如果招标文件中的运营期限设置是合理的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种设置就是合法的。反之，如果运营期限设置过长，导致潜在投标人无法接受，或者这种设置是为了特定投标人量身定制，排除了其他潜在投标人，那么这种设置就是违法的。

3. 行业惯例与合理性判断

在判断招标文件设置中标人负责运营项目20年是否合法时，还需要考虑行业惯例和合理性。不同行业、不同项目的运营期限可能存在差异。有些项目可能由于投资大、回收周期长，需要设置较长的运营期限以确保投资回报。而有些项目则可能由于技术更新快、市场需求变化大，不适合设置过长的运营期限。

如果招标文件中的运营期限设置符合行业惯例，且经过合理评估认为可行，那么这种设置就是合理的。反之，如果运营期限设置过长，超出了行业惯例和合理范围，那么这种设置就可能引发争议和法律风险。

4. 法律建议与风险防范

对于招标人而言，在设置招标文件中的运营期限时，应充分考虑项目的实际情况、行业惯例和法律风险。建议招标人在设置运营期限前进行充分的市场调研和风险评估，确保运营期限的设置既符合项目需求，又符合法律要求。

对于投标人而言，在参与招标活动时，应仔细阅读招标文件，了解运营期限等关键条款。如果认为运营期限设置不合理或存在法律风险，应及时向招标人提出质疑或放弃投标。

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