招标文件中明确招标代理费由中标人支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
法律法规基础：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第十二条，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。这是招标代理服务费收取的基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。
政策调整与市场调节：
- 相关政策文件，如《关于放开部分服务价格意见的通知》及后续文件，逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性。
支付主体与约定：
- 招标代理服务费通常由招标人支付，但若招标人、招标代理机构与投标人有特别约定，并达成一致意见，招标代理服务费可以由中标人支付。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。
- 《中国招标投标协会关于贯彻<国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知>的指导意见》也明确指出，经事先约定，招标代理服务费可由中标人承担，并应在招标文件中注明。
实际操作中的注意事项
明确约定：
- 招标人应在招标文件中明确招标代理费的承担方式，包括支付主体、支付标准等关键信息。这有助于避免后续争议，确保招投标活动的顺利进行。
公平合理：
- 招标代理费的承担方式应公平合理，不得存在不合理的歧视性或排他性条款。这有助于维护招投标活动的公平、公正和公开原则。
合法合规：
- 招标代理费的承担方式应符合相关法律法规的规定，不得违反法律法规的强制性规定。否则，相关约定可能被视为无效，引发法律纠纷。
风险与建议
风险：
- 若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标人可能拒绝支付招标代理费，导致招标人与中标人之间的合同关系紧张。
建议：
- 招标人在招标前应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述。这有助于潜在投标人在参与投标时能清楚知晓费用承担事项，减少后续纠纷的可能性。
- 中标人在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或咨询专业律师。这有助于中标人了解自身权利和义务，避免不必要的法律风险。
综上所述，招标文件中明确招标代理费由中标人支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。但招标人应确保相关约定公平合理、合法合规，并在招标文件中清晰表述。中标人在参与投标时也应仔细审查相关条款，如有疑虑及时咨询。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。