当人力资源公司聘用员工，却要求员工与第三方发薪公司签订协议时，这通常涉及到劳务派遣或劳务外包等用工形式。面对这种情况，员工应当采取以下步骤来保障自己的合法权益：

一、明晰第三方协议的性质

首先，员工需要了解这份与第三方发薪公司签订的协议具体是什么性质。它可能是劳务派遣合同，也可能是劳务外包合同。不同的合同性质，员工的权益和责任也会有所不同。

• 劳务派遣合同：员工将与派遣单位（即第三方发薪公司）建立劳动关系，但实际工作在用工单位（即人力资源公司或其客户）进行。此时，员工需要确认派遣单位的资质、信誉以及派遣协议的具体内容。
• 劳务外包合同：员工则完全与第三方发薪公司建立劳动关系，并为其提供劳务服务。这种情况下，员工需要关注的是与发薪公司的劳动合同内容，以及发薪公司是否具备合法的用工主体资格。

二、对比直接签订劳动合同的权益

员工应当仔细对比直接与人力资源公司签订劳动合同和与第三方发薪公司签订协议在薪酬、福利、工作内容、工作地点、劳动保护等方面有无变化。特别是要注意以下几点：

• 薪酬和福利：确保与第三方签订的协议中，薪酬和福利不低于或等同于直接与人力资源公司签订时的标准。
• 工作内容和地点：确认工作内容和地点是否与原先承诺的一致，避免被随意调换岗位或地点。
• 劳动保护：了解第三方发薪公司是否提供与人力资源公司同等的劳动保护措施。

三、提出合理诉求并协商

如果发现与第三方签订协议在权益上有所不利，员工有权与公司进行协商，提出维持原待遇或改善条件的合理诉求。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规来支持自己的观点。

四、了解并遵守相关法律法规

员工需要了解《劳动合同法》等相关法律法规中关于劳务派遣和劳务外包的规定。例如，劳务派遣通常在临时性、辅助性或替代性的工作岗位实施。如果发现用工单位或派遣单位违反了这些规定，员工可以向劳动监察部门反映情况。

五、谨慎签订协议并保留证据

在签订与第三方发薪公司的协议之前，员工应当仔细阅读协议条款，确保自己完全理解并同意其中的内容。同时，员工应当保留好与人力资源公司和第三方发薪公司的所有沟通记录和协议文本，以备不时之需。

六、寻求法律援助或咨询

如果员工在签订协议或履行过程中遇到任何问题或纠纷，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。律师可以帮助员工分析协议条款的合法性、合理性以及可能存在的风险点，并提供相应的法律建议和解决方案。

综上所述，当人力资源公司要求员工与第三方发薪公司签订协议时，员工应当明晰协议性质、对比直接签订劳动合同的权益、提出合理诉求并协商、了解并遵守相关法律法规、谨慎签订协议并保留证据以及寻求法律援助或咨询。通过这些步骤，员工可以更好地保障自己的合法权益。