核心结论：挂靠人以被挂靠人名义收取工程保证金后，退还主体需根据合同相对性、挂靠协议约定及实际履行情况综合判断，具体分以下情形：

1. 合同相对性原则下的退还主体

根据《民法典》第465条，合同仅对签订主体产生约束力。若工程保证金系挂靠人以被挂靠人名义与发包方签订的《建设工程施工合同》中明确约定收取，则退还义务主体应为被挂靠人。
法律依据：

• 《民法典》第465条：“依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力。”
  
• 实践中，发包方通常基于对被挂靠人资质的信任支付保证金，若合同主体为被挂靠人，退还责任亦应由其承担。

2. 挂靠协议约定优先

若挂靠人与被挂靠人内部签订《挂靠协议》，明确约定保证金由挂靠人实际收取并负责退还，则需分两步处理：

• 对外责任：发包方仍有权要求被挂靠人退还（因合同相对性）；
  
• 对内追偿：被挂靠人退还后，可依据挂靠协议向挂靠人追偿。
  风险提示：
  
• 若挂靠协议未明确约定，被挂靠人可能需自行承担退还责任后，再通过诉讼向挂靠人主张权利，增加维权成本。

3. 实际履行情况的影响

若发包方将保证金直接支付至挂靠人个人账户，但合同仍以被挂靠人名义签订，需结合以下因素判断：

• 发包方是否知情：若发包方明知挂靠关系仍同意支付至挂靠人账户，可能被认定为“债务加入”或“表见代理”，挂靠人需承担连带退还责任；
  
• 资金流向：若保证金最终用于项目施工，被挂靠人可能因“实际受益”被要求退还；
  
• 证据留存：转账记录、沟通记录等可证明实际履行情况的证据，将直接影响责任认定。

4. 特殊情形：表见代理的认定

若挂靠人长期以被挂靠人名义对外经营，且发包方有理由相信其有代理权（如持有被挂靠人公章、授权文件等），可能构成《民法典》第172条规定的“表见代理”。此时，被挂靠人需先承担退还责任，再向挂靠人追偿。
关键证据：

• 挂靠人是否持有被挂靠人授权文件；
  
• 发包方是否尽到合理审查义务（如核对资质、授权范围）。

实务建议

1. 合同签订阶段：明确约定保证金收取主体、退还流程及违约责任，避免模糊条款；
   
2. 资金管理阶段：要求保证金支付至被挂靠人公司账户，或通过共管账户监管；
   
3. 纠纷发生阶段：立即固定证据（如合同、转账记录、沟通记录），必要时发送律师函明确退还主体；
   
4. 诉讼策略选择：根据证据情况，可选择以“合同纠纷”起诉被挂靠人，或以“不当得利”起诉挂靠人。

总结：退还主体的确定需结合合同文本、挂靠协议、实际履行情况及表见代理规则综合判断。建议发生纠纷时，立即委托律师分析证据链，制定针对性维权方案。如有具体案件材料，可进一步向我提供细节，我将为您定制解决方案。