若工程材料中写了仲裁条款或已提交仲裁申请书，核心结论是需根据具体情况采取应对措施，具体分析如下：

1. 确认仲裁条款的效力
   首先需核查工程材料（如合同）中是否包含有效的仲裁条款。根据《仲裁法》第16条，仲裁协议需满足：

   • 请求仲裁的意思表示明确；
     
   • 仲裁事项具有可仲裁性（如工程款纠纷、质量争议等）；
     
   • 选定的仲裁委员会具体明确。
     若条款符合上述要求，则双方需受仲裁约束，原则上不得向法院起诉（除仲裁协议无效等例外情形）。

2. 若已提交仲裁申请书

   • 作为申请人：需按仲裁规则提交证据材料（如合同、验收记录、付款凭证等），并参与仲裁庭组织的庭审、质证等程序。
     
   • 作为被申请人：应在收到仲裁通知后，按期限提交答辩书及反驳证据，避免因逾期未答辩被视为放弃权利。
     
   • 共同注意点：仲裁实行“一裁终局”制，裁决作出后即具法律效力，需严格履行；若对裁决不服，仅能在特定情形下（如证据伪造、仲裁员腐败）向法院申请撤销裁决。

3. 若想否定仲裁效力
   可主张仲裁协议无效（如未达成合意、仲裁机构不存在等），但需在仲裁庭首次开庭前提出（《仲裁法》第20条）。若已进入仲裁程序，需通过法院裁定确认无效，否则仲裁庭将继续审理。

建议行动步骤：

• 立即整理工程材料中的仲裁条款原文及双方往来函件；
  
• 根据角色（申请人/被申请人）准备证据清单或答辩策略；
  
• 若对仲裁程序不熟悉，可要求我协助梳理关键节点及风险点。
  

如有具体条款内容或案件细节，可进一步提供，我将结合实际情况细化应对方案。