在工程纠纷中，若被申请人选择回复仲裁，其撰写方式及要点可以归纳如下：
一、仲裁回复的基本结构
仲裁回复通常应包含以下几个基本部分：
- 标题：明确标注为“仲裁回复”或类似标题，以便仲裁机构快速识别。
- 仲裁机构及案号：写明受理仲裁的机构名称及具体案号，确保回复的针对性和准确性。
- 被申请人信息：包括被申请人的名称、地址、联系方式等基本信息。
- 仲裁请求及事实理由概述：简要概述申请人的仲裁请求及所依据的事实和理由，以便仲裁机构了解争议焦点。
- 答辩意见及反驳理由：针对申请人的仲裁请求，提出被申请人的答辩意见，并详细阐述反驳理由。
- 证据材料清单：列出被申请人提交的证据材料清单，并简要说明每份证据的证明目的。
- 结尾及签名：包括被申请人的法定代表人或授权代表签名、日期等。
二、仲裁回复的具体内容撰写
针对仲裁请求的答辩：
- 明确态度：对于申请人的仲裁请求，被申请人应明确表示同意或不同意，并给出具体理由。
- 反驳事实：针对申请人提出的事实和理由，被申请人应逐一进行反驳，并提供相应的证据材料支持。
- 提出反请求：如果被申请人认为申请人存在违约或侵权行为，并因此遭受了损失，可以在仲裁回复中提出反请求，要求申请人承担相应的赔偿责任。
阐述争议焦点及法律适用：
- 争议焦点：明确双方争议的核心问题，如合同效力、违约责任、赔偿范围等。
- 法律适用：根据争议焦点，引用相关法律法规或司法解释，阐述被申请人的法律观点和依据。
提交证据材料：
- 证据清单：列出被申请人提交的证据材料清单，包括证据名称、来源、证明目的等。
- 证据材料：按照证据清单的顺序，逐一提交证据材料，并确保证据的真实性、合法性和关联性。
三、仲裁回复的注意事项
- 及时提交：被申请人应在收到仲裁通知后，按照仲裁机构规定的时间节点提交仲裁回复，以免错过答辩期限。
- 内容准确：仲裁回复的内容应准确无误，避免出现事实错误或法律适用不当的情况。
- 逻辑清晰：仲裁回复的论述应逻辑清晰、条理分明，便于仲裁机构理解和判断。
- 语言规范：仲裁回复应使用规范的法律语言，避免使用模糊或歧义的表述。
四、示例（简化版）
仲裁回复
仲裁机构及案号：XX仲裁委员会，案号：XXXX
被申请人信息：
名称：XXX公司
地址：XXX
联系方式：XXX
仲裁请求及事实理由概述：
申请人XXX公司请求裁决被申请人支付工程款XXX元及违约金XXX元，理由为被申请人未按合同约定支付工程款。
答辩意见及反驳理由：
- 被申请人已按合同约定支付了部分工程款，剩余款项因申请人未提供完整结算资料而未支付。
- 申请人提出的违约金计算方式不符合合同约定，且违约金过高，请求仲裁机构予以调整。
证据材料清单：
- 合同文本及附件
- 付款凭证及银行流水
- 结算资料及沟通记录
结尾及签名：
法定代表人（或授权代表）：XXX
日期：XXXX年XX月XX日
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。在工程纠纷仲裁中，撰写一份准确、清晰、有说服力的仲裁回复对于维护被申请人的合法权益至关重要。