监管局认定水果有问题且店铺已关门的情况下，是否仍需赔偿，需分情况讨论：
若店铺已注销或破产，且无财产可供执行：
- 根据《民法典》及相关司法解释，侵权责任以赔偿实际损失为原则。若店铺作为独立法人已注销，或经营者作为自然人已破产且无财产，则赔偿义务可能因主体灭失而无法履行。但需注意，若经营者存在恶意转移财产等行为，可能通过法律程序追加赔偿。
若店铺虽关门但主体仍存续（如未注销）：
- 赔偿义务不因店铺关门而免除。消费者可依据《消费者权益保护法》第五十五条，主张“退一赔三”（若符合欺诈情形）或实际损失赔偿。即使店铺停业，经营者仍需承担责任，消费者可通过诉讼要求赔偿。
若问题水果导致人身损害：
- 根据《民法典》第一千二百零三条，产品缺陷造成损害的，被侵权人可向生产者或销售者索赔。即使销售者（店铺）已关门，消费者仍可起诉生产者或要求监管部门追溯责任。此时，赔偿义务不因销售环节中断而免除。
法律建议：
- 固定证据：保存监管部门认定水果问题的文件、购买凭证、问题水果照片或检测报告等。
- 查询主体状态：通过国家企业信用信息公示系统或市场监管部门，确认店铺是否注销、破产或存在财产线索。
- 选择维权路径：
- 若主体存续，直接起诉经营者或生产者；
- 若主体灭失且无财产，可尝试通过消费者协会调解或向监管部门举报，要求追溯上游责任。
风险提示：若拖延维权，可能因超过诉讼时效（三年）而丧失胜诉权。建议尽快行动，避免证据灭失或责任方财产转移。
总结：店铺关门不必然免除赔偿责任，需结合主体存续状态、损害类型及证据情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。