针对您提出的“工厂给员工买的重大疾病保险怎么赔偿”这一问题，我将从工伤（职业病）情况和非工伤情况两个方面，为您详细阐述赔偿流程和相关权益。

一、工伤（职业病）情况下的赔偿

1. 职业病认定与工伤申报：

   • 若员工所患疾病被认定为职业病，首先需要进行职业病诊断，并由用人单位按照规定安排疑似职业病病人进行诊断。
   • 一旦被诊断为职业病，可依法认定为工伤，并享受相应的工伤保险待遇。

2. 工伤保险待遇：

   • 医疗费用：由工伤保险基金支付，包括治疗费、康复费、住院费等。
   • 停工留薪期工资：在停工留薪期内，员工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 伤残补助金：根据劳动能力鉴定结果，员工可获得一次性伤残补助金，具体金额根据伤残等级确定。
   • 生活护理费：若员工需要生活护理，工伤保险基金将按月支付生活护理费。

3. 企业责任：

   • 若企业未为员工参加工伤保险，则所有工伤保险待遇费用需由企业按照工伤保险待遇标准支付。

二、非工伤情况下的赔偿与保障

1. 医疗保险报销：

   • 若员工所患疾病不属于职业病，但企业为员工缴纳了医疗保险，员工可按照医疗保险政策报销部分医疗费用。

2. 医疗期与病假工资：

   • 员工享有医疗期，根据工作年限，医疗期一般为三个月到二十四个月不等。
   • 在医疗期内，企业应支付员工不低于当地最低工资标准80%的病假工资或疾病救济费。

3. 经济补偿：

   • 医疗期满后，若员工不能从事原工作也不能从事企业另行安排的工作，企业可解除劳动合同，并支付经济补偿。
   • 经济补偿按员工在本企业的工作年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。

4. 其他费用与救助：

   • 员工可向企业请求支付治疗和康复的合理费用，如医疗费、护理费、交通费等（若企业有相关政策或合同约定）。
   • 企业工会可能为困难职工提供帮扶和救助，包括资金、物资等。
   • 特定困难人员还可申请政府提供的医疗救助。

三、操作建议

1. 及时了解权益：员工应了解自己的工伤保险和医疗保险权益，以及医疗期的相关规定。
2. 按规定申请认定：若怀疑所患疾病为职业病，应及时进行职业病诊断，并申请工伤认定。
3. 保留证据：在与用人单位沟通协商时，应保留相关证据，如医疗证明、工资单等。
4. 寻求专业帮助：如有需要，可咨询专业律师或相关机构，以获取更具体的法律建议和帮助。

综上所述，工厂给员工买的重大疾病保险在工伤和非工伤情况下的赔偿流程和权益保障有所不同。员工应根据自身情况，及时了解并行使自己的权益。