结论：在劳动关系已经由a公司转移到b公司的情况下，a公司来扣工资一般是不合法的，但具体还需根据转移的性质和双方协议来判断。
分析：
劳动关系转移的性质：
- 如果劳动关系是通过合法的劳动合同变更或解除与a公司的合同，并重新与b公司签订劳动合同的方式转移的，那么a公司在转移后无权再扣工资。因为此时，劳动者与a公司的劳动关系已经终止，a公司不再具有管理劳动者工资的权力。
- 如果劳动关系转移是某种形式的“借调”或“临时用工”安排，且双方（a公司、b公司和劳动者）有明确的协议约定a公司在特定情况下可以扣工资，那么a公司扣工资的行为可能具有合法性。但这种情况较为特殊，且需要严格的协议约束。
工资支付的主体：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当由用人单位（即与劳动者建立劳动关系的单位）支付。在劳动关系转移到b公司后，b公司成为新的用人单位，应当承担支付工资的责任。
- a公司作为原用人单位，在劳动关系转移后，除非有特别的法律约定或协议，否则不再承担支付工资的责任，也无权扣工资。
可能的法律后果：
- 如果a公司非法扣工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求a公司补发工资并可能面临罚款等行政处罚。
- 劳动者还可以通过劳动仲裁或诉讼途径，要求a公司承担非法扣工资的法律责任，包括补发工资、支付赔偿金等。
建议：
- 劳动者在遇到此类情况时，首先应当查看自己与a公司、b公司签订的劳动合同以及任何相关的协议或通知，明确劳动关系转移的具体性质和双方的权利义务。
- 如果a公司非法扣工资，劳动者应当及时收集证据（如工资条、银行转账记录、劳动合同等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在处理此类纠纷时，劳动者也可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到充分保护。
特殊情况说明：
- 如果劳动关系转移是伴随着公司并购、重组等复杂情况发生的，可能需要更深入地分析双方的法律关系和协议内容，以确定a公司扣工资的合法性。
- 在任何情况下，劳动者都应当保持警惕，及时了解自己的权益状况，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。