结论：签A合同离职时按照B合同核算工资，一般情况下是不合法的，但具体还需根据合同内容、签订情况以及相关法律法规来综合判断。

分析说明：

1. 合同效力与约定内容：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当具备工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等必备条款。
   • 如果A合同和B合同都是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么它们都是有效的。但是，离职时按照哪份合同核算工资，应取决于哪份合同是双方实际履行的合同，或者哪份合同中有关于离职时工资核算的明确约定。

2. 实际履行与合同变更：

   • 如果在实际工作中，双方是按照A合同的约定来履行义务的，比如工资发放、工作内容等，那么在离职时，通常应按照A合同的约定来核算工资。
   • 如果双方在履行过程中，通过书面或口头形式变更了合同内容，且这种变更不违反法律法规的强制性规定，那么变更后的内容应作为双方权利义务的依据。但口头变更需有充分证据证明，否则难以被法院或仲裁机构采信。

3. 违法后果与救济途径：

   • 如果用人单位在离职时擅自按照B合同核算工资，且B合同的工资标准低于A合同或实际发放的工资标准，那么用人单位的行为可能构成违法。劳动者有权要求用人单位按照实际履行的合同或更高的工资标准支付工资差额。
   • 劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

• 如果A合同和B合同在工资核算方面有明确的衔接或替代关系，且这种关系得到了双方的认可，那么离职时按照B合同核算工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体分析合同内容。
• 如果劳动者在签订B合同时，对工资核算条款存在重大误解或用人单位存在欺诈、胁迫等情形，导致劳动者签订了不利的合同条款，那么劳动者有权请求法院或仲裁机构撤销或变更这些条款。

建议与行动指南：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资核算、离职条件等关键条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 如果在离职时遇到用人单位擅自变更工资核算标准的情况，劳动者应及时收集证据，如工资条、银行流水、劳动合同等，以便在后续维权过程中提供有力支持。
• 劳动者可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。