员工不同意公司规章制度本身，并不直接构成公司可以开除员工的合法理由。公司能否以员工不遵守规章制度为由开除员工，需综合考虑多方面因素，以下从不同角度进行分析：

一、规章制度合法有效是前提

1. 内容合法合理：公司的规章制度必须严格遵守国家法律法规的强制性规定，不得包含任何违法内容，如体罚、罚款等。同时，规章制度应公平合理，避免设定过于苛刻或不切实际的要求。

2. 制定程序民主：规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表进行平等协商确定。这一程序确保了规章制度的民主性和员工的参与度。

3. 已向员工公示：公司应通过适当方式，如组织员工培训、在公司公告栏张贴、在员工手册中明确写明并让员工签收等，确保员工充分知晓并理解规章制度的内容。这是规章制度能够作为辞退依据的重要前提。

二、员工严重违反规章制度可辞退

在规章制度合法有效的基础上，员工若严重违反这些规章制度，公司有权解除劳动合同。这里的“严重违反”需根据公司自身的规章制度、员工的行为性质、行为后果等因素来具体判定。例如：

• 多次旷工：公司明确规定旷工三天属于严重违纪行为，某员工连续旷工四天，这种情况下公司辞退该员工通常是合法的，且无需支付经济补偿。
• 盗窃公司财物：员工盗窃公司财物，严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。
• 泄露公司机密：员工泄露公司机密，给公司造成重大损失，公司有权依据规章制度辞退员工。

三、规章制度存在瑕疵时的处理

如果公司的规章制度存在以下任一问题，辞退员工可能会被认定为违法：

1. 内容违法或不合理：如规章制度中含有对女职工孕期、产期、哺乳期的歧视性规定，这种违反法律特殊保护规定的内容是无效的。若依据此类规定辞退员工，公司将承担法律责任。

2. 制定程序不合法：规章制度未经民主程序制定，未与员工充分沟通讨论，一旦发生劳动纠纷，该规章制度可能不被劳动仲裁机构或法院认可。公司据此辞退员工可能构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金。

3. 未公示或告知员工：如果员工确实不知道有相关规章制度，公司在辞退员工时以该制度为依据，将难以得到法律支持。因此，确保员工知晓规章制度是公司必须履行的义务。

四、法律后果与建议

• 合法辞退：若公司规章制度合法有效，且员工严重违反，公司辞退员工无需支付经济补偿。
• 违法辞退：若规章制度存在瑕疵，或员工行为未达严重程度，公司随意辞退可能构成违法，需支付赔偿金，赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。

建议：公司应确保规章制度的合法性、合理性和公示性，并在处理员工违规行为时，确保处罚的合理性和公正性。员工也应自觉遵守公司规章制度，维护良好的职场秩序。如遇相关争议或问题，可以直接向我咨询以获取准确的法律意见和帮助。