行政诉讼中，若被告提交的证据系原告起诉后才收集的，这主要违反了《中华人民共和国行政诉讼法》中关于被告举证期限的规定，此类证据一般不能作为认定案件事实的依据。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律规定角度
举证期限：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条：“被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。但是，被诉行政行为涉及第三人合法权益，第三人提供证据的除外。” 以及第三十五条：“在诉讼过程中，被告及其诉讼代理人不得自行向原告、第三人和证人收集证据。”
- 这意味着，被告必须在法定期限内（通常是收到起诉状副本之日起十五日内）提交证据，否则将承担不利后果。若被告在原告起诉后才收集证据，显然违反了这一规定。
证据效力：
- 逾期提交的证据，通常会被视为无效证据，不能作为认定案件事实的依据。这是因为，行政诉讼的目的是审查行政行为的合法性，而行政行为的合法性应当基于行政行为作出时的事实和法律依据。若允许被告在诉讼过程中随意收集证据，将破坏行政诉讼的公正性和效率性。
二、实践操作角度
法院审查：
- 在行政诉讼中，法院会对被告提交的证据进行严格审查。若发现证据系原告起诉后才收集的，法院通常会不予采纳，并可能对被告进行训诫或罚款。
原告权益保护：
- 允许被告在诉讼过程中收集证据，将可能损害原告的合法权益。因为原告在起诉时，已经基于当时的事实和法律依据提出了诉讼请求。若被告在诉讼过程中随意改变事实或法律依据，将使原告处于不利地位。
三、法律后果角度
败诉风险：
- 若被告因逾期提交证据而被法院不予采纳，将可能面临败诉的风险。因为行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任。若无法提供有效证据支持其行政行为，将承担不利后果。
行政责任：
- 除了民事责任外，被告还可能因违反行政诉讼程序而承担行政责任。例如，被法院训诫、罚款或被上级行政机关责令改正等。
四、建议与措施
严格遵守举证期限：
- 被告应严格遵守行政诉讼法规定的举证期限，确保在法定期限内提交证据。
加强证据管理：
- 被告应加强证据管理，确保在行政行为作出过程中就收集并保存好相关证据。
及时咨询专业律师：
- 若被告对行政诉讼程序不熟悉或存在疑问，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。
总结来说，行政诉讼中被告提交的证据若系原告起诉后才收集的，将违反行政诉讼法中关于举证期限的规定，此类证据一般不能作为认定案件事实的依据。被告应严格遵守法律规定，确保在法定期限内提交有效证据以支持其行政行为。若有问题，可以直接向我咨询。