结论前置：在劳动者驻工厂做事，但外包公司是劳动者老板的情况下，进行劳动仲裁时，被申请人一般应为外包公司。然而，若存在特定情形，如发包企业存在违法行为导致劳动者权益受损，发包企业也可能被列为共同被申请人。
详细分析：
一般情况下的被申请人确定：
- 在业务外包形式下，劳动者与外包公司存在劳动关系。因此，当劳动者遇到劳动纠纷，如工资拖欠、未缴纳社保等问题时，进行劳动仲裁应以该外包公司作为被申请人。例如，若A公司将某项业务外包给B公司，B公司招聘的劳动者若遇到权益受损问题，进行劳动仲裁时应以B公司作为被申请人。
特定情形下的被申请人确定：
- 如果发包企业（即工厂）存在一些特定违法行为，如明知外包公司没有合法资质仍然将业务发包，或者直接干预外包员工的工作管理等，导致劳动者权益受损，那么发包企业也可能需要承担一定的法律责任。此时，劳动者可以将发包企业和外包公司一并列为共同被申请人，要求它们共同承担责任。
申请劳动仲裁的注意事项：
- 提交书面仲裁申请：劳动者在申请劳动仲裁时，应提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应载明劳动者的个人信息、用人单位的名称和地点、仲裁请求及其依据的事实和理由、证据及其来源和证人信息等。
- 仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时采取行动，通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 证据收集：在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集与纠纷相关的证据，如工资单、劳动合同、工作证等，以证明自己的主张。
法律建议：
- 在进行劳动仲裁前，劳动者应先尝试与外包公司或发包企业进行协商，看是否能够通过协商解决问题。
- 如果协商无果，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，并提交充分的证据来支持自己的主张。
- 在仲裁过程中，劳动者应遵守仲裁程序，如实陈述事实，提供证据，并尊重仲裁结果。如果对仲裁结果不服，劳动者还可以依法向人民法院提起诉讼。
综上所述，在劳动者驻工厂做事，但外包公司是劳动者老板的情况下，进行劳动仲裁时，被申请人一般应为外包公司。然而，在特定情形下，发包企业也可能被列为共同被申请人。劳动者在申请劳动仲裁时，应了解相关法律规定和程序，并尽可能收集充分的证据来支持自己的主张。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。