若公司财产全部被没收，员工赔偿问题需分情况讨论，核心结论如下：

1. 公司财产被没收是否影响员工债权？
   根据《公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的法人财产权。若公司财产被依法没收（如因违法经营、刑事犯罪等），其财产将优先用于清偿法定债务（如税费、员工工资等）。但若没收财产价值不足以覆盖全部债务，员工债权可能面临部分无法清偿的风险。

   • 法律依据：《企业破产法》第一百一十三条规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，按顺序清偿：
     （一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
     （二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
     （三）普通破产债权。
     若公司财产被没收后无剩余财产，员工债权可能无法全额受偿。

2. 员工如何主张权利？

   • 申请劳动仲裁：若公司未依法支付工资、经济补偿等，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付欠薪及补偿金。
     
   • 参与破产清算程序：若公司进入破产清算，员工需及时申报债权，并关注破产管理人发布的公告，确保债权被纳入清偿范围。
     
   • 追究股东责任：若公司财产被没收与股东滥用权利（如抽逃出资、财产混同）有关，员工可依据《公司法》第二十条，要求股东在抽逃出资范围内承担补充赔偿责任。

3. 特殊情形：公司财产被没收后的执行顺序
   若公司财产被司法机关没收（如刑事罚金），需优先满足法定执行顺序：

   • 刑事罚金优先：根据《刑法》第五十三条，罚金需在判决指定的期限内一次或分期缴纳，期满不缴纳的，强制缴纳。若公司财产不足以同时支付罚金和员工工资，员工工资可能因罚金优先执行而受损。
     
   • 员工工资的优先性：根据《企业破产法》及相关司法解释，员工工资属于优先债权，但需在破产程序中申报并参与分配。

建议：

• 员工应尽快收集劳动合同、工资条、考勤记录等证据，证明劳动关系及欠薪事实。
  
• 若公司已进入破产程序，需在法定期限内（通常为破产管理人发布公告后30日内）申报债权。
  
• 若发现股东存在违法行为，可同步提起股东损害公司债权人利益责任纠纷之诉。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据准备要点。