结论：厂里工时标出来后，员工自离（即擅自离职）一般不能成为工厂扣钱的合法理由，但具体情况需结合劳动合同、公司规章制度及实际损失来综合判断。
一、从劳动合同角度分析
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了员工擅自离职的违约责任，比如需要支付一定数额的违约金或赔偿金，那么工厂在员工自离后，有权按照合同约定要求员工承担相应的责任。但需要注意的是，违约金的数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
违约金的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形仅限于两种：一是服务期协议，即用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期及违约金；二是竞业限制协议，即对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果劳动合同中约定的违约金不属于上述两种情形，那么该约定可能因违反法律法规而无效。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度的合法性：
- 工厂制定的规章制度应当符合法律法规的规定，且不得与劳动合同相抵触。如果规章制度中规定了员工擅自离职需要扣钱的条款，那么该条款是否合法有效，取决于其是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否经过了民主程序制定并公示给了劳动者。
规章制度的执行：
- 即使规章制度中规定了员工擅自离职需要扣钱的条款，工厂在执行时也需要谨慎。因为扣钱可能涉及到劳动者的工资权益，而工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，工厂不得随意克扣。如果工厂确实需要因员工自离而扣除一定费用，那么应当确保扣除的费用与员工的违约行为或给工厂造成的损失相当，且不得超过法定限额。
三、从实际损失角度分析
损失的计算：
- 如果员工自离给工厂造成了实际损失，比如因员工擅自离职导致生产中断、客户流失等，那么工厂有权要求员工赔偿相应的损失。但损失的计算应当合理、客观，且需要提供相应的证据来支持。
赔偿的合理性：
- 工厂在要求员工赔偿损失时，应当确保赔偿的数额与员工的违约行为或给工厂造成的损失相当。如果赔偿的数额过高，可能会被视为对员工的惩罚，而惩罚性赔偿在劳动法中是不被允许的。
四、建议与风险提示
- 对于员工：在离职前应当与工厂进行充分沟通，并按照劳动合同和公司规章制度的规定办理离职手续。如果确实需要擅自离职，那么应当做好承担相应法律责任的准备。
- 对于工厂：在员工自离后，应当通过合法途径来维护自己的权益，比如与员工协商、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。同时，工厂也应当加强内部管理，完善劳动合同和公司规章制度，以减少类似纠纷的发生。
总结：厂里工时标出来后员工自离，工厂一般不能随意扣钱。但如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且该规定合法有效，同时员工自离确实给工厂造成了实际损失，那么工厂在合理范围内有权要求员工承担相应的责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。