结论前置：是否应该起诉扣两天公休工资的问题，需结合具体情况判断。若公司行为违反法律规定，且协商无果，起诉是合理的维权途径；若公司行为合法或双方存在争议，建议先通过协商、投诉等非诉讼方式解决。
一、公司扣公休工资是否合法？
首先，我们需要明确公司扣公休工资的行为是否合法。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，包括公休日。若公司在公休日安排劳动者工作且未安排补休，或未依法支付加班工资，则可能构成违法行为。
若公司未安排补休且未支付加班工资：
- 根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若公司未履行此义务，劳动者有权要求公司支付加班工资，并可考虑通过法律途径维权。
若公司行为合法（如已安排补休或已支付加班工资）：
- 若公司已按照法律规定安排补休或支付加班工资，则扣公休工资的行为可能不构成违法。此时，劳动者需确认公司是否确实履行了相关义务。
二、是否应该起诉？
在决定是否起诉前，建议劳动者从以下几个方面考虑：
证据收集：
- 劳动者需收集相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明公司扣公休工资的事实及违法性。证据充分是起诉成功的前提。
协商与投诉：
- 在起诉前，劳动者可尝试与公司协商解决，或向当地劳动监察部门投诉。这些非诉讼方式往往更为高效、经济。
起诉成本与收益：
- 起诉需耗费时间、精力及可能的诉讼费用。劳动者需权衡起诉成本与可能获得的赔偿，判断是否值得起诉。
法律程序与风险：
- 起诉需遵循法律程序，包括提交诉状、参加庭审等。同时，起诉存在败诉风险，劳动者需做好心理准备。
三、具体建议
若公司行为明显违法且证据充分：
- 劳动者可考虑向劳动仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院提起诉讼。在起诉前，建议咨询专业律师，以制定合适的维权策略。
若公司行为存在争议或证据不足：
- 劳动者可先通过协商、投诉等方式解决。若无法解决，再考虑起诉。在起诉前，务必完善证据链，提高胜诉率。
无论选择何种方式维权：
- 劳动者都应保持冷静、理性，避免采取过激行为。同时，及时关注法律动态，了解自身权益及维权途径。
最后，扣两天公休工资是否应该起诉，需结合具体情况判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将为您提供全面、专业的法律服务。