终本执行后，申请人起诉股东及历史股东的诉讼时效认定，需结合具体情形与法律规定进行综合分析。以下从不同角度进行阐述：

一、诉讼时效的基本规定

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在终本执行后，若申请人发现股东或历史股东存在未履行出资义务、抽逃出资等违法行为，导致公司无法清偿债务，进而损害申请人利益的，申请人有权在诉讼时效期间内提起诉讼。

二、起诉股东的诉讼时效认定

1. 股东未履行出资义务：

   • 若股东在公司设立或增资时未按照约定履行出资义务，申请人（债权人）在公司无法清偿债务时，有权要求该股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。
   • 诉讼时效自申请人知道或应当知道股东未履行出资义务之日起计算，通常为三年。若终本执行后才发现股东未履行出资义务，则诉讼时效从发现之日起计算。

2. 股东抽逃出资：

   • 若股东在公司成立后抽逃出资，导致公司资本不足，损害债权人利益的，申请人有权要求该股东在抽逃出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。
   • 诉讼时效同样自申请人知道或应当知道股东抽逃出资之日起计算，为期三年。

三、起诉历史股东的诉讼时效认定

1. 历史股东的责任：

   • 历史股东通常指在公司存续期间已转让股权的股东。一般情况下，历史股东在转让股权后不再对公司债务承担责任。
   • 但若历史股东存在未履行出资义务或抽逃出资等违法行为，且该行为导致公司无法清偿债务，损害申请人利益的，申请人仍有权在诉讼时效期间内要求历史股东承担责任。

2. 诉讼时效的起算：

   • 对于历史股东，诉讼时效的起算点可能更为复杂。若申请人在终本执行前已知晓历史股东的违法行为，则诉讼时效从知晓之日起计算。
   • 若终本执行后才通过其他途径发现历史股东的违法行为，则诉讼时效从发现之日起计算。但需注意，若历史股东的违法行为发生在公司设立或增资时，且申请人一直不知情，则可能涉及最长诉讼时效（二十年）的问题。不过，在实务中，由于公司设立和增资通常会有相应的公示和记录，申请人难以完全不知情，因此最长诉讼时效的适用需谨慎。

四、特殊情形下的诉讼时效

1. 诉讼时效中断：

   • 在诉讼时效期间内，若申请人向股东或历史股东提出履行请求、股东或历史股东同意履行义务、申请人提起诉讼或申请仲裁等，均会导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。

2. 诉讼时效中止：

   • 若在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

五、法律建议

1. 及时行使权利：

   • 申请人应在发现股东或历史股东存在违法行为后，及时在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。

2. 收集证据：

   • 申请人应积极收集股东或历史股东未履行出资义务、抽逃出资等违法行为的证据，以支持其诉讼请求。

3. 咨询专业律师：

   • 由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和实务操作，申请人如有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。