在以月为周期的综合工时制下，遇有法定假日的月份，判断员工是否全勤应依据实际出勤情况及法定假日的特殊规定进行，不能简单地将法定假日排除在全勤判断之外。以下是对此问题的详细分析：

一、综合工时制的基本特点

综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如月、季、年）灵活安排工作时间，但总工作时间不得超过法定标准。这种制度下，员工的出勤情况并非以每日是否出勤为唯一判断标准，而是以整个周期内的总工作时间是否达标为准。

二、法定假日对全勤判断的影响

1. 法定假日的性质：法定假日是员工依法享有的休息日，不计入工作时间。在综合工时制下，法定假日同样不计入总工作时间。

2. 全勤的判断标准：

   • 若以实际出勤天数判断：在遇有法定假日的月份，员工因法定假日未出勤，但这并不影响其全勤的判断，只要其在其他工作日正常出勤，且整个周期内的总工作时间达标，即可视为全勤。但需注意，这种判断方式可能因企业规定而异，有些企业可能将法定假日视为应出勤日，未出勤则不计入全勤。
   • 若以总工作时间判断：在综合工时制下，更合理的判断方式是依据整个周期内的总工作时间。只要员工在周期内的总工作时间达到或超过法定标准，即可视为全勤，无论其是否在法定假日出勤。

三、实际操作中的建议

1. 明确企业规定：企业应明确在综合工时制下，遇有法定假日时如何判断员工是否全勤。这可以通过规章制度、劳动合同或集体合同等方式进行约定。

2. 合理计算工作时间：企业应准确计算员工在周期内的总工作时间，包括实际出勤时间和经批准的加班时间等，以确保判断的准确性。

3. 保障员工权益：在判断员工是否全勤时，企业应充分保障员工的合法权益，不得因法定假日未出勤而剥夺其应得的全勤奖励或其他权益。

四、可能的法律后果

若企业在判断员工是否全勤时违反了相关法律法规或企业规定，可能会面临以下法律后果：

1. 劳动争议：员工可能因此与企业产生劳动争议，要求企业支付未支付的全勤奖励或其他权益。

2. 行政处罚：若企业的行为违反了劳动法律法规，劳动行政部门可能对其处以行政处罚。

如有具体案例或进一步疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的实际情况提供更详细的法律建议。