结论前置：工伤双方在不同地区立案时，需根据具体情况确定管辖法院，并注意诉讼时效、证据收集及法律适用等问题。以下是具体分析：

1. 管辖法院的确定

• 原则：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，工伤赔偿纠纷通常由用人单位所在地或劳动合同履行地的法院管辖。若双方在不同地区立案，需结合以下因素确定管辖：
  • 劳动合同履行地：若工伤事故发生在某地，且劳动合同明确约定履行地，该地法院通常具有管辖权。
  • 用人单位所在地：若用人单位注册地与实际经营地不一致，需以主要办事机构所在地为准。
  • 优先原则：若一方已先立案，另一方需向同一法院申请管辖权异议，或通过协商、上级法院指定管辖解决冲突。
• 建议：优先选择劳动合同履行地法院立案，便于调查取证和执行。若双方均已立案，需及时与法院沟通，避免重复诉讼。

2. 诉讼时效与程序协调

• 时效中断：若一方在某地立案，诉讼时效自提交起诉状时中断，对另一方同样有效。但需注意，不同地区法院可能对时效计算存在细微差异，需以立案法院规定为准。
• 程序衔接：若两案涉及同一事实，可申请法院合并审理，或由上级法院指定管辖，避免矛盾判决。

3. 证据收集与法律适用

• 证据固定：无论在哪立案，均需及时固定工伤认定书、医疗记录、工资证明等关键证据。若证据分散在不同地区，可申请法院调查取证或委托异地律师协助。
• 法律适用：工伤赔偿标准通常以事故发生地或用人单位所在地的标准为准，需结合两地法规选择更有利的方案。

4. 实务建议

• 协商优先：若双方对管辖无争议，可协商选择对双方均便利的法院立案。
• 律师协助：因涉及跨地域法律适用和程序协调，建议委托专业律师处理，避免因程序错误导致败诉。
• 及时沟通：若已在不同地区立案，需立即与对方及法院沟通，避免资源浪费和矛盾判决。

总结：工伤双方在不同地区立案时，核心是确定管辖法院并协调诉讼程序。建议优先选择劳动合同履行地法院，及时固定证据，并委托律师协助处理跨地域法律问题。如有进一步疑问，可直接向我咨询。