关于星期天休息被扣底薪和全勤是否合理的问题，结论是：这通常是不合理的。
从法律角度分析：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息日和法定节假日的权利。星期天作为通常的休息日，员工在此日休息是合法的，不应因此被扣除底薪或全勤奖。底薪是员工基本工资的一部分，通常与员工的工作时长、工作表现等无直接关联，而是基于劳动合同或公司规章制度确定的固定金额。全勤奖则是为了鼓励员工按时出勤而设立的一种奖励机制，但同样不应以牺牲员工的休息日为代价。
从公司规章制度角度分析：
- 如果公司的规章制度中明确规定了星期天休息会被扣除底薪或全勤奖，那么这种规定可能涉嫌违反劳动法律法规。因为劳动法律法规是保护员工权益的基本准则，公司的规章制度不得与之相抵触。如果公司的规章制度存在此类不合理规定，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
从实际操作角度分析：
- 在实际操作中，如果公司因为星期天休息而扣除员工的底薪或全勤奖，员工可以首先与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，表达自己的不满和诉求。如果沟通无果，员工可以考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
针对不同情况的分析与建议：
如果公司规章制度中有明确且合法的规定：
- 尽管这种情况较为罕见，但如果公司的规章制度中确实有明确且合法的规定，表明星期天休息会被扣除底薪或全勤奖，并且该规定已经过员工代表大会或全体员工讨论通过，那么员工在签订劳动合同时应已经知晓并同意了这一规定。然而，即便如此，员工仍有权对这一规定提出质疑，并寻求法律途径来确认其合法性。
如果公司规章制度中没有明确规定或规定不合法：
- 在这种情况下，公司扣除员工的底薪或全勤奖显然是不合理的。员工可以首先与公司进行协商，要求公司纠正这一错误做法。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣除的底薪和全勤奖，并可能获得相应的经济补偿。
法律建议与后续行动：
保留证据：
- 员工在面临此类问题时，应首先保留好与公司相关的所有证据，包括劳动合同、工资单、考勤记录、公司规章制度等。这些证据将在后续的协商、投诉或仲裁过程中发挥重要作用。
及时沟通：
- 员工在发现问题后，应及时与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，表达自己的不满和诉求。通过沟通，有时可以迅速解决问题，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果或公司拒绝纠正错误做法，员工可以寻求法律援助。作为专业律师，我建议员工在面临此类问题时直接向我咨询，我将根据具体情况为员工提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，星期天休息被扣底薪和全勤通常是不合理的。员工在面临此类问题时，应首先了解自己的权益和法律规定，然后与公司进行沟通协商。如果协商无果，员工可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。