核心前提：员工在星期天休息时被扣除了底薪和全勤奖。

针对这一问题，首先明确的是，员工在休息日（如星期天）被扣除底薪和全勤奖是不合法的，除非有明确的合同约定或公司规章制度，并且这些约定或制度本身合法且已告知员工。以下是对此问题的详细分析：

1. 关于底薪的扣除：

   • 底薪是员工的基本工资，通常不应因休息日而扣除。除非员工有违反公司规定或合同约定的行为，否则公司无权扣除底薪。
   • 如果公司以星期天休息为由扣除底薪，这可能违反了劳动法中关于工资支付的规定。员工有权要求公司补发被扣除的底薪，并可能因此获得额外的赔偿（如经济补偿金等，具体需根据当地劳动法规判断）。

2. 关于全勤奖的扣除：

   • 全勤奖是公司为了鼓励员工全勤而设立的一种奖励制度。如果员工在星期天休息，这通常不应影响其全勤奖的获得，因为星期天是员工的正常休息日。
   • 如果公司以星期天休息为由扣除全勤奖，这同样可能违反了公司的规章制度或劳动法的相关规定。员工有权要求公司补发全勤奖，并可能因此提出异议或投诉。

建议措施：

• 首先，员工应查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解关于工资支付和全勤奖的具体规定。
• 如果发现公司的做法违反了合同或规章制度，员工可以先与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，表达自己的不满和诉求。
• 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，员工应保留好相关证据（如工资条、考勤记录、劳动合同等），以便在需要时提供证明。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。