工厂扣员工的返工货款是否合法，需分情况讨论：
若因员工自身过错导致工作成果不达标而返工：
- 根据法律规定，若员工因自身操作失误、疏忽大意等原因导致工作成果不符合要求，进而需要返工，用人单位可根据劳动合同约定或依法制定的规章制度，合理扣除相应工钱。这是因为用人单位有维护自身合法权益的权利，对因劳动者过错造成的损失，可要求其赔偿。
- 但即便如此，每月扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位应按最低工资标准支付。
若返工是因工厂材料、指导问题或不可抗力导致：
- 在这种情况下，工厂不能扣除员工的返工货款。因为返工并非由员工过错造成，而是由于工厂提供的材料有问题、指导不当或遭遇了不可抗力因素。此时，工厂应承担返工带来的额外成本和损失，而不是转嫁给员工。
针对您的情况，建议如下：
- 首先，明确返工的具体原因。是员工自身操作失误，还是工厂材料、指导问题，或是遭遇了不可抗力因素？这是判断工厂是否可以扣除返工货款的关键。
- 其次，查阅劳动合同和工厂的规章制度，看是否有关于返工货款扣除的明确规定。如果有，需判断这些规定是否合法、合理，并是否适用于当前的情况。
- 最后，如果与工厂就返工货款扣除问题产生争议，且无法通过协商解决，您可以考虑向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：工厂扣员工的返工货款是否合法，取决于返工的具体原因以及劳动合同和工厂规章制度的约定。在处理此类问题时，建议员工保持冷静，明确自己的权益和义务，并寻求专业的法律帮助。如果您有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。