综合工时制度不可以擅自更改以29天为分母折算日工资。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 综合工时制度的基本规定：

   • 综合工时制度是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 在综合工时制度下，日工资的折算通常应遵循法定标准，即以月计薪天数（通常为21.75天，这是根据全年365天减去104天休息日和11天法定节假日后，再除以12个月得出的）为分母进行折算。

2. 擅自更改日工资折算分母的违法性：

   • 擅自更改以29天为分母折算日工资，违反了综合工时制度下日工资折算的法定标准。这种更改可能导致员工实际获得的日工资低于法定标准，从而损害员工的合法权益。
   • 根据《劳动法》和相关规定，用人单位应依法支付员工工资，不得克扣或无故拖欠。擅自更改日工资折算分母，可能构成克扣工资的行为，员工有权要求用人单位补发工资差额，并可能追究用人单位的法律责任。

3. 法律后果与建议：

   • 如果用人单位擅自更改以29天为分母折算日工资，员工可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为并补发工资差额。
   • 同时，员工也可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在此过程中，建议员工保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。

4. 用人单位的合规建议：

   • 用人单位应严格遵守综合工时制度的规定，按照法定标准折算日工资，确保员工的合法权益不受损害。
   • 如果用人单位需要调整工时制度或工资折算方式，应依法与员工协商并达成一致意见，同时向劳动行政部门备案。

综上所述，综合工时制度下不可以擅自更改以29天为分母折算日工资。用人单位应依法支付员工工资，确保员工的合法权益不受损害。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。