员工旷工被公司解除劳动合同，公司认为自动离职和自动解除劳动合同是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 若公司规章制度明确且合法，旷工解除可能合法

• 公司规章制度合法性：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过民主程序（如职工代表大会讨论）并与工会或职工代表平等协商确定，且必须向劳动者公示或告知。若公司规章制度明确规定旷工达到一定天数算自动离职或严重违反规章制度，并且该规定合法、合理且经过公示或告知劳动者，那么用人单位在员工达到规定旷工天数后按自动离职或解除劳动合同处理是合法的。
• 法律依据：《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，若员工旷工行为确实违反了公司合法有效的规章制度，公司有权据此解除劳动合同，此时不属于员工自愿离职。

2. 若公司规章制度不明确或未依法告知，旷工解除可能不合法

• 规章制度不明确：如果公司没有明确且合理的规章制度对自动离职情形予以界定，或者虽有规定但未依法告知劳动者，又或者劳动者不存在真正意义上的自动离职行为（如单位未经法定程序随意认定自动离职），那么公司以此解除劳动关系则可能不合法。
• 未依法告知：即使公司有规章制度，但若未向劳动者公示或告知，劳动者对规章制度内容不知情，公司也不能以此为由解除劳动合同。
• 法律后果：这种情况下，劳动者可通过劳动仲裁等法律途径维护自身权益，要求公司恢复劳动关系或给予相应赔偿。

3. 员工旷工原因及公司催告程序的影响

• 旷工原因：员工因不可抗力因素（如突发重大疾病）未能及时到岗，并事后及时向企业说明情况的，企业一般不能将其认定为自动离职。
• 公司催告程序：在司法实践中，法院会综合考虑员工旷工的原因、时长、企业是否履行催告返岗程序等多种因素，来判断旷工是否构成自动离职或严重违反规章制度。若公司未履行催告返岗程序，直接解除劳动合同，可能被认定为违法解除。

4. 员工自愿离职与旷工解除的区别

• 自愿离职：是员工主动向单位提出解约，要有明确主动解约的意思表示。
• 旷工解除：是单位按法定或约定条件行使单方解约权，并非员工自愿离职。此时员工可能无法获得经济补偿，具体需根据劳动合同约定及公司规章制度确定。

法律建议

• 公司方面：应确保规章制度的合法性和合理性，并严格按照法定程序执行。在处理旷工问题时，应综合考虑员工旷工的原因、时长及公司是否履行催告返岗程序等因素。
• 员工方面：应严格遵守公司的规章制度和劳动法律法规的规定，按时出勤并履行工作职责。若因不可抗力因素未能及时到岗，应及时向公司说明情况。在发生旷工争议时，应寻求法律途径解决，以维护自身的合法权益。

总之，员工旷工被公司解除劳动合同是否合法，需根据公司的规章制度、是否依法告知劳动者、旷工原因及公司催告程序等多种因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。