公司扣减六十岁以上员工国家法定节假日工资的行为违法。

一. 国家法定节假日休息不应扣工资

1. 根据《劳动法》第五十一条：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”这表明，国家法定节假日是劳动者的休息日，用人单位应当支付工资，而不应扣减。

二. 扣减工资需有合法依据

1. 根据《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”由此可见，扣减工资必须有明确的法律依据，而国家法定节假日休息并不属于可以扣减工资的情形。

三. 公司扣工资行为的违法性

1. 结合上述法律法规，公司因员工在国家法定节假日休息而扣减其工资，且一天扣三，显然没有法律依据，属于违法行为。

我建议：员工可以与公司沟通，要求公司停止这种违法行为，并补发被扣减的工资。如果公司拒不改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。