法定节假日休息扣工资是不合法的，用人单位应当依法支付劳动者在法定节假日期间的工资。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，劳动者在法定休假日、婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这一规定明确了法定节假日是劳动者应有的休息时间，且在此期间，即便劳动者未进行实际工作，用人单位也应照常支付工资。
工资支付标准
法定节假日：
- 定义：法定节假日是由国家法律统一规定的用以进行庆祝及度假的休息时间，如元旦、春节、清明节、劳动节、端午节、中秋节和国庆节等。
- 支付标准：在这些节假日期间，即使劳动者未上班，用人单位也需按照劳动合同约定的正常出勤标准支付工资。例如，若员工月工资为5000元，且每月计薪天数按21.75天计算，则日工资约为229.89元。若该员工在国庆节法定的3天假期内正常休假，用人单位应支付这3天的全额工资，即约689.67元。
加班工资：
- 若用人单位在法定节假日安排劳动者工作，则需按照不低于劳动者正常工作时间工资的百分之三百支付加班工资。这是对劳动者放弃休息的补偿。
特殊情况下的工资处理
- 事假包含法定节假日：若劳动者请事假且事假期间包含法定节假日，则法定节假日的天数不计算在事假内，用人单位应正常支付法定节假日的工资。
- 病假包含法定节假日：若劳动者请病假且病假期间包含法定节假日，则法定节假日也计算在病假内。用人单位应按照病假工资规定支付工资，但不得额外扣除法定节假日对应的工资部分。
劳动者权益保护
如果用人单位违反法律规定，在节假日期间扣除了劳动者的工资，劳动者有权采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：劳动者可与用人单位进行沟通，明确指出法律规定并要求纠正不当行为，确保工资得到足额支付。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察大队提出投诉。劳动监察部门具备对用人单位违法行为进行查处的权力，并可责令其改正及补发工资。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，劳动者还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或通过司法途径提起诉讼，要求用人单位不仅支付被扣工资，还可能获得相应的赔偿金。
总结与建议
法定节假日休息扣工资是违法的，劳动者应充分了解并维护自己的合法权益。用人单位则应严格遵守劳动法律法规，切实保障劳动者的各项权益。如果劳动者遇到节假日工资被扣的情况，建议首先与用人单位协商解决；若协商无果，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的权益。
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