企业扣押员工毕业证书系违法行为。以下是从法律角度的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。毕业证书作为员工学习成果的体现，属于员工的个人证件，用人单位无权扣押。

2. 法律后果：

   • 若用人单位扣押了员工的毕业证书，员工有权要求用人单位立即归还。若用人单位拒绝执行，员工可以向劳动监察部门进行投诉，或者依法提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 员工权益保障：

   • 员工对于自己的毕业证书持有使用权、收益权以及处分权。用人单位扣押毕业证书的行为，侵犯了员工的这些权利。员工在面临此类问题时，应积极采取措施，通过合法途径维护自己的权益。

4. 证据保存：

   • 在处理此类问题时，员工应妥善保存相关证据，如与管理者的沟通过程、与工作有关的文件资料等。这些证据在日后的维权行动中可能起到关键作用。

综上所述，企业扣押员工毕业证书的行为是违法的，员工有权要求用人单位立即归还，并可以通过合法途径维护自己的权益。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。