针对“员工超过工伤假期继续申请休假怎么办”这一问题，我们需要从多个角度进行综合考虑。
首先，要明确的是，工伤假期结束后员工是否能继续申请休假，主要取决于员工的身体恢复状况以及所在单位的政策规定。
身体恢复状况：
- 如果员工因工伤尚未完全康复，对工作和生活仍产生负面影响，那么员工有权向医疗机构申请开具未愈的证明。
- 凭借这份证明，员工可以向所在单位的相关部门提出继续休假的申请。
- 只要申请符合条件，且得到相关部门的审批，员工仍然可以享有休假的权利。
单位政策规定：
- 不同单位对于工伤假期后的休假政策可能有所不同。
- 员工需要了解并遵守所在单位的具体规定，包括休假的申请流程、审批条件等。
- 在申请继续休假时，员工应提供充分的医疗证明和相关材料，以支持其请假申请。
此外，还需要注意以下几点：
- 工伤假与病假的区别：工伤假是因工作遭受事故伤害或患职业病而暂停工作接受医疗时享受的假期，而病假则是员工因患病或非因工负伤需要停止工作治病休息时的假期。在工伤假过后，若员工仍需治疗或休息，可根据具体病情向用人单位申请病假，但需遵守单位的相关规定。
- 停工留薪期的规定：根据《工伤保险条例》，停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊的，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。在停工留薪期内，员工原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 员工权益与工作需求的平衡：在处理员工继续休假的问题时，应充分考虑员工的权益和工作需求，确保两者之间的平衡。单位应提供合理的休假政策，同时员工也应积极配合单位的工作安排，共同维护良好的劳动关系。
综上所述，员工超过工伤假期继续申请休假时，应首先了解自己的身体恢复状况，并获取医疗机构的未愈证明。然后，根据所在单位的政策规定，向相关部门提出继续休假的申请，并提供充分的医疗证明和相关材料。在申请过程中，员工应遵守单位的相关规定，确保自己的权益与工作需求之间的平衡。