针对您提出的“提交申报工伤后员工继续休假怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗时，根据《工伤保险》的相关规定，员工在停工留薪期内，其原工资福利待遇是不变的，应由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，但如果伤情严重或情况特殊，经过设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长的时间也不得超过12个月。

现在，针对您提出的具体情况，即员工在提交申报工伤后继续休假，我们可以这样处理：

1. 确认停工留薪期：

   • 在工伤认定完成后，如果员工需要继续休假，首先应确认其是否仍处于停工留薪期内。如果仍在停工留薪期内，那么员工应继续享受原工资福利待遇，单位应按月支付。
   • 如果停工留薪期已满，但员工仍不能恢复工作且需要继续治疗，那么员工或用人单位应提前向劳动能力鉴定委员会提出延长停工留薪期的鉴定申请。在鉴定结论做出前，员工仍可享受工伤停工留薪期待遇。

2. 关于工资补发：

   • 如果在工伤认定书下来前，公司一直按病假发放工资，而在工伤认定完成后，员工希望补发工资差额（即按工伤待遇应发的工资与实际发放的病假工资之间的差额），这通常需要依据劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期来确定。一般来说，不是仅凭医院诊断证明就可以要求补发工资，而是需要劳动能力鉴定委员会的确认。

3. 关于二次手术及后续休假：

   • 如果员工的工伤需要二次手术，且术前已经做了劳动能力鉴定-停工留薪期确认，这通常不会影响二次手术的工伤保险报销。
   • 二次手术后，如果员工仍需要休养，且休养期仍在停工留薪期内或经劳动能力鉴定委员会确认延长了停工留薪期，那么员工可以继续享受工伤停工留薪期待遇。

4. 关于后续离职及补助金领取：

   • 如果员工在劳动能力鉴定评上伤残等级后没有立刻离职，而是继续工作若干年后离职（离退休年龄还远），根据相关规定，员工仍然有权领取一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
   • 领取这两项补助金的离职原因通常没有特定要求，无论是公司单方裁员辞退、员工自身原因离职还是协商离职等，只要符合相关规定，员工都可以领取。

综上所述，对于提交申报工伤后员工继续休假的情况，我们应首先确认停工留薪期，并根据实际情况处理工资补发、二次手术及后续休假等问题。同时，也应告知员工关于后续离职及补助金领取的相关规定。希望这些解答能对您有所帮助。如有更多疑问，建议咨询专业的劳动法律人士或当地劳动能力鉴定委员会。