这种抗辩能否成立，需根据具体情况及提供的证据来判断。以下是对此问题的详细分析：
一. 抗辩的法律依据
根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十四条：“原告以借据、收据、欠条等债权凭证为依据提起民间借贷诉讼，被告依据基础法律关系提出抗辩或者反诉，并提供证据证明债权纠纷非民间借贷行为引起的，人民法院应当依据查明的案件事实，按照基础法律关系审理。” 这条规定意味着，如果被告能提供证据证明所偿还的款项并非借款，而是其他性质的债务（如工程款），法院可能会按照基础法律关系进行审理。
二. 抗辩的成立条件
证据充分性：
- 被告需要提供充分的证据来证明所偿还的款项实际上是工程款，而非借款。这些证据可能包括工程合同、工程款支付记录、双方之间的通信记录等。
逻辑合理性：
- 被告的抗辩在逻辑上必须合理。例如，如果被告能证明双方之间存在工程款结算关系，并且所偿还的款项在金额、时间等方面与工程款结算记录相符，那么其抗辩就具有较强的说服力。
无其他矛盾证据：
- 如果原告提供了借款的借据、转账记录等证据，且这些证据与被告的抗辩存在明显矛盾，那么被告的抗辩就难以成立。
三. 实例分析
- 例如，如果被告能提供工程合同、工程款支付凭证以及双方之间关于工程款结算的通信记录等证据，且这些证据能够证明所偿还的款项实际上是工程款，而非借款，那么其抗辩就很有可能成立。
- 反之，如果原告提供了借据、转账记录等证据，且这些证据能够证明所偿还的款项是借款，那么被告的抗辩就难以成立。
四. 结论与建议
- 结论：民间借贷被告说还款是还被告单位的工程款，这种抗辩能否成立取决于被告能否提供充分的证据来支持其主张。
- 建议：被告在提出此类抗辩时，应尽可能收集相关证据，并确保这些证据在逻辑上合理、无矛盾。同时，被告也应密切关注原告的举证情况，以便及时做出有效的应对。如有进一步需要，您可以继续咨询我。