若被告在民间借贷纠纷中主张款项实为工程款，需结合证据和法律关系进行抗辩，具体处理方式如下：

1. 区分法律关系性质
   民间借贷与工程款纠纷的核心区别在于基础法律关系：

   • 民间借贷：双方存在借款合意，款项性质为借款，需证明资金交付事实（如转账记录、借条等）。
     
   • 工程款纠纷：款项性质为工程价款，需以建设工程施工合同为基础，证明工程量、验收结算等事实。
     若被告主张工程款，需举证证明双方存在工程承包/分包关系，且涉案款项为工程价款（如施工合同、工程量清单、结算单等）。若无法提供充分证据，其主张可能被法院驳回。

2. 审查款项交付与用途

   • 若原告能证明款项交付事实（如转账备注为“借款”），且被告无法证明款项实际用于工程（如无工程款支付记录、无施工行为），法院可能认定款项性质为借款。
     
   • 若被告能证明款项与工程直接相关（如转账备注为“工程预付款”、款项直接支付给材料供应商或工人），则可能支持其工程款主张。

3. 举证责任分配

   • 原告需证明：双方存在借款合意（如借条、聊天记录）、款项已交付（如转账记录）。
     
   • 被告需证明：款项性质为工程款（如施工合同、结算文件）、原告未履行工程款支付义务（如未验收、未结算）。
     若被告无法完成举证，需承担不利后果。

4. 诉讼策略建议

   • 原告角度：
     
     • 强调借款合意与交付事实，提供借条、转账记录等证据。
       
     • 若被告主张工程款，要求其提供施工合同、结算单等反证，并质疑其真实性。
       
   • 被告角度：
     
     • 收集施工合同、工程量签证单、结算文件等证据，证明款项与工程相关。
       
     • 若无书面合同，可申请证人出庭（如项目经理、材料供应商）或调取工程相关记录（如采购单、付款凭证）。

5. 法律后果提示

   • 若法院认定款项为借款，被告需按借条约定还款；若认定为工程款，则需按工程合同结算。
     
   • 若被告恶意主张工程款以拖延还款，可能构成虚假诉讼，需承担法律责任。

建议：根据双方证据情况，针对性准备抗辩材料。若证据复杂，可进一步梳理时间线、资金流向等关键事实，向我提供详细信息以便深入分析。