关于“合同约定疫情防控费的费用由施工单位承担是否合规”的问题，不能一概而论，需要结合具体情况和法律规定来判断。

1. 合同约定与法律规定：

   • 如果合同中有明确条款约定疫情防控费用由施工单位承担，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的，施工单位应当按照合同约定承担相关费用。
   • 然而，如果合同中没有相关约定，或者该约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如不公平、不合理地加重了施工单位的责任），那么该约定可能是无效的。在这种情况下，施工单位有权拒绝承担疫情防控费用。

2. 不可抗力与情势变更：

   • 疫情及疫情防控措施通常被视为不可抗力事件。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。因此，如果疫情防控措施直接导致合同无法履行或履行成本显著增加，施工单位可以主张免责或要求变更合同内容。
   • 在情势变更的情况下，即合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商合同内容。

3. 政府指导意见与法院裁判：

   • 各地政府可能会出台相关指导意见，明确疫情防控费用应如何分担。例如，海南省住建厅曾出台指导意见，指出建设工程因疫情防控导致的损失和费用增加，发承包双方应按照不可抗力有关规定和合同约定合理分担，并将疫情防控费用计入工程价款。
   • 法院在审理相关案件时，也会根据具体情况判断疫情防控费用的承担问题。如果施工单位能够证明疫情防控费用确实发生且合理，法院可能会支持其要求甲方承担相关费用的主张。

综上所述，合同约定疫情防控费用由施工单位承担是否合规，需要综合考虑合同约定、法律规定、不可抗力与情势变更原则以及政府指导意见和法院裁判等因素。如果施工单位对合同内容或费用承担问题有疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。