员工离职时，工资应当全部结清。这一结论基于《工资支付暂行规定》及《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定，下面我将从法律依据、正常情况处理、特殊情况处理三个角度进行详细说明。
法律依据：
- 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同的同时一次付清劳动者工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：虽然主要规定了经济补偿与工作交接的关系，但也强调了劳动合同解除或终止后，用人单位需出具相关证明，并在合理时间内办理档案和社会保险关系转移手续，同时暗示了工资等报酬应在此时段内得到妥善处理。
正常情况处理：
- 当员工按照公司规定提前通知（如提前三十日以书面形式通知用人单位，若处于试用期内，则需提前三日通知）并顺利完成工作交接后，用人单位应立即结算并支付其在职期间的所有工资，包括基本工资、绩效工资等应得报酬。
特殊情况处理：
- 若员工离职时存在未完成工作交接或违反公司规定等行为，用人单位虽不能以此为由拖欠工资，但有权要求员工对因其行为而造成的损失进行赔偿。重要的是，赔偿损失与支付工资是两个独立的法律关系，用人单位需承担举证责任，且不能以赔偿为由扣押工资。
- 另外，如果员工离职时存在加班工资等未结清的情况，用人单位也应在离职时一并结清。
综上所述，无论是从法律条文的角度还是从实践操作的角度来看，员工离职时，用人单位都有明确的法律责任和义务一次性结清其应得工资。这是对员工合法权益的保护，也是用人单位遵守法律法规、维护良好劳资关系的必要之举。如果您在离职过程中遇到工资未结清的问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。