行政机关认为是内部文件不公开，确实需要承担举证责任。具体来说：

在政府信息公开案件中，如果行政机关主张原告申请公开的信息属于内部事务信息而不予公开，那么行政机关应当对该信息系其履行内部管理职能、开展日常工作中制作或者获取的，以及该信息属于人事管理、后勤管理或者内部工作规范信息等事实进行举证。这是行政机关在政府信息公开案件中应承担的举证责任之一。

换句话说，行政机关不能仅仅声称某信息是“内部文件”就拒绝公开，而必须提供充分的证据来证明该信息确实属于内部事务信息，且不符合公开的条件。如果行政机关无法提供足够的证据来支持其主张，那么其拒绝公开的决定可能会被视为违法。

因此，如果你作为申请人向行政机关申请公开某信息，而行政机关以该信息为“内部文件”为由拒绝公开时，你可以要求行政机关提供相应的证据来证明其主张。如果行政机关无法提供足够的证据，你有权要求其公开该信息，或者通过法律途径来维护你的知情权。