结论：不予公开的文件在特定条件下是可以作为行政机关证据的，但需严格遵循相关法律法规的规定。

一、不予公开文件的范围及法律依据

首先，我们需要明确哪些文件属于不予公开的范围。根据《中华人民共和国政府信息公开条例》等相关法律法规，以下文件通常依法不予公开：

1. 国家秘密：涉及国家安全和利益，如军事战略、国家情报等。
2. 商业秘密：具有商业价值且不为公众所知悉，如技术秘密、经营策略等。
3. 个人隐私：公民个人不愿公开的私人信息，如健康状况、家庭住址等。
4. 内部事务信息：行政机关的内部管理信息，如人事安排、工作流程等。
5. 过程性信息：行政机关在决策或执法过程中形成的讨论记录、过程稿等。

二、不予公开文件作为证据的条件

尽管上述文件通常不予公开，但在特定条件下，它们仍可以作为行政机关的证据。这些条件包括：

1. 合法性：文件必须是通过合法途径获取的，且其内容真实、可靠。例如，行政机关在执法过程中依法收集的证据，即使涉及个人隐私或商业秘密，也可能在符合法律规定的情况下作为证据使用。
2. 相关性：文件必须与待证明的事实具有直接关联性。即，文件的内容必须能够直接或间接地证明行政机关的某个决定或行为的合法性或合理性。
3. 必要性：在有其他可公开证据可用的情况下，行政机关应优先使用可公开证据。只有在没有其他可公开证据或可公开证据不足以证明事实的情况下，才考虑使用不予公开的文件作为证据。
4. 保密性：在使用不予公开的文件作为证据时，行政机关必须采取严格的保密措施，确保文件内容不被泄露给无关人员。这包括限制文件的查阅范围、对文件进行脱敏处理等。

三、具体应用场景与注意事项

1. 行政诉讼中的证据使用：在行政诉讼中，如果行政机关需要使用不予公开的文件作为证据，通常需要在法庭上出示该文件（或其摘要），并说明其合法性、相关性和必要性。同时，行政机关还需要采取必要的保密措施，如申请不公开审理、对文件进行密封处理等。
2. 内部调查与决策：在行政机关的内部调查或决策过程中，如果涉及不予公开的文件，应确保只有授权人员能够查阅这些文件，并严格遵守保密规定。在形成最终决定或报告时，应避免直接引用文件中的敏感信息，而是以概括或总结的方式呈现。
3. 第三方权益保护：如果不予公开的文件涉及第三方的合法权益（如个人隐私、商业秘密等），行政机关在使用这些文件作为证据前，应征得第三方的同意或按照法律规定进行告知和说明。

四、法律后果与风险提示

如果行政机关违反法律法规的规定，擅自使用不予公开的文件作为证据，可能会面临以下法律后果：

1. 证据无效：法院可能认定该证据无效，因为其获取或使用方式违反了法律规定。
2. 行政责任：行政机关及其工作人员可能因违反保密规定或证据使用规定而承担行政责任，如警告、记过、降级等。
3. 民事责任：如果因泄露不予公开的文件内容而给第三方造成损失的，行政机关还可能承担民事赔偿责任。

建议：行政机关在使用不予公开的文件作为证据时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保文件的合法性、相关性和必要性。同时，应采取必要的保密措施，保护文件内容不被泄露。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。