行政机关未公开的文件，其有效性需根据文件性质、内容及相关法律法规综合判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：

一、依法不予公开的文件，未公开不影响其有效性

根据《中华人民共和国政府信息公开条例》等规定，以下文件依法不予公开，且未公开不影响其法律效力：

1. 国家秘密：涉及国家安全和利益的事项，如军事战略部署、国家重要情报来源等，这些文件本身具有高度的保密性，未公开是其法定属性，不影响其作为国家秘密的有效性。
2. 商业秘密：具有商业价值且不为公众所知悉的技术信息、经营信息等，权利人已采取相应保密措施。这些文件未公开是为了保护商业利益，不影响其作为商业秘密的法律效力。
3. 个人隐私：公民个人生活中不愿为他人公开的秘密，如身份证号码、健康状况、私人通信等。这些文件未公开是为了保护个人隐私权，不影响其作为个人隐私的法律效力。
4. 内部事务信息：行政机关的内部管理信息，包括人事管理、后勤管理、内部工作流程等。这些文件未公开是为了维护行政机关的正常运作秩序，不影响其作为内部事务信息的法律效力。
5. 过程性信息：行政机关在行政管理过程中形成的讨论记录、过程稿、磋商信函、请示报告等，以及行政执法案卷信息。这些文件未公开是为了保护行政决策的公正性和行政执法的严肃性，不影响其作为过程性信息的法律效力。

二、应公开而未公开的文件，可能影响其法律效力及行政机关的公信力

对于依法应当公开的文件，如行政法规、规章、规范性文件等，若行政机关未依法公开，则可能产生以下法律后果：

1. 文件效力受限：虽然未公开的文件本身可能仍然有效，但由于其未公开，可能导致公众无法知晓其内容，从而影响其在实际生活中的适用和执行。例如，一项新的行政法规若未公开，公众可能因不知情而违反该法规，导致不必要的法律纠纷。
2. 行政机关公信力受损：行政机关未依法公开应公开的文件，可能引发公众对行政机关透明度和公信力的质疑。这可能导致公众对行政机关的信任度降低，进而影响行政机关的执法效果和社会治理能力。
3. 法律责任：根据相关法律法规，行政机关未依法履行政府信息公开义务的，可能面临上级行政机关的责令改正、通报批评等行政责任，甚至可能因情节严重而承担法律责任。

三、特殊情况下的处理建议

1. 区分处理：对于包含可公开与不可公开内容的文件，行政机关应进行区分处理，提供可公开部分，并对不予公开部分说明理由。这既能保护敏感信息，又能满足公众的知情权。
2. 救济途径：若申请人对行政机关不予公开的决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。通过司法途径审查决定的合法性，维护自身合法权益。
3. 主动公开与依申请公开相结合：行政机关应建立健全政府信息公开制度，主动公开应当公开的信息，同时依法处理依申请公开的事项。这既能提高政府工作的透明度，又能保障公众的知情权。

总结来说，行政机关未公开的文件是否有效，需根据文件性质、内容及相关法律法规综合判断。对于依法不予公开的文件，未公开不影响其法律效力；对于应公开而未公开的文件，则可能影响其法律效力及行政机关的公信力。若您遇到相关问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。