公司可以解除与存在职务侵占行为且金额巨大的项目负责人的劳动关系。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第二十五条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；……（四）被依法追究刑事责任的。
   • 职务侵占行为属于严重违反劳动纪律和用人单位规章制度的行为，且若金额巨大，还可能构成犯罪，被依法追究刑事责任。

2. 解除劳动关系的合理性：

   • 职务侵占行为损害了公司的财产权益，破坏了公司的正常经营管理秩序。
   • 对于金额巨大的职务侵占行为，公司有权且应当采取严厉措施，以维护公司的合法权益和正常运营。
   • 解除劳动关系是对严重违纪行为的合理惩处，也是对公司其他员工的一种警示。

3. 解除劳动关系的程序：

   • 公司应确保解除劳动关系的决定符合法律法规和公司规章制度的规定。
   • 在解除劳动关系前，公司应收集充分的证据，如职务侵占的证明材料、金额巨大的相关证据等。
   • 公司应按照法定程序通知劳动者，并办理相关手续，如出具解除劳动关系的证明、结算工资等。

4. 后续处理建议：

   • 公司应加强对员工的法治教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业素养。
   • 对于涉嫌犯罪的职务侵占行为，公司应及时向公安机关报案，配合司法机关的调查和处理。
   • 公司应完善内部管理制度，加强财务监管和审计，防范类似事件的再次发生。

综上所述，公司可以解除与存在职务侵占行为且金额巨大的项目负责人的劳动关系，并应依法依规办理相关手续。若您有更多关于劳动纠纷或公司法务的问题，欢迎随时向我咨询。