工伤认定后用人单位只赔偿5级6级是不合法的。下面我来详细解释一下：

首先，根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定后，用人单位应当根据工伤职工的伤残等级支付相应的工伤保险待遇。伤残等级是根据工伤职工的伤残情况，经过专业机构鉴定后确定的，通常分为1-10级，其中1级最重，10级最轻。

其次，工伤保险待遇包括医疗费、康复费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金、伤残津贴、生活护理费、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等。这些待遇的支付标准和方式，都是根据伤残等级来确定的，而不是仅仅局限于5级6级。

因此，如果用人单位只赔偿5级6级的工伤职工，而忽略其他等级的工伤职工，那么这种做法是不合法的。工伤职工有权根据自己的伤残等级，要求用人单位支付相应的工伤保险待遇。

最后，如果工伤职工遇到用人单位不支付或不足额支付工伤保险待遇的情况，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，工伤认定后用人单位只赔偿5级6级是不合法的，工伤职工应当根据自己的伤残等级，要求用人单位支付相应的工伤保险待遇。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。